מקור המצווה בחומש דברים (כב, ו-ז): "כִּי יִקָּרֵא קַן צִפּוֹר לְפָנֶיךָ בַּדֶּרֶךְ בְּכָל עֵץ אוֹ עַל הָאָרֶץ אֶפְרֹחִים אוֹ בֵיצִים וְהָאֵם רֹבֶצֶת עַל הָאֶפְרֹחִים אוֹ עַל הַבֵּיצִים לֹא תִקַּח הָאֵם עַל הַבָּנִים. שַׁלֵּחַ תְּשַׁלַּח אֶת הָאֵם וְאֶת הַבָּנִים תִּקַּח לָךְ לְמַעַן יִיטַב לָךְ וְהַאֲרַכְתָּ יָמִים". כלומר, אדם המוצא קן של ציפור, ובקן אפרוחים או ביצים, ואימם רובצת עליהם, אסור לו ליטול את האם מעל גוזליה או ביציה, וכן אסור לו ליטול את הציפור עם אפרוחיה או ביציה, וכן אסור ליטול את האפרוחים או הביצים מתחת האם.[1] ואם עבר ונטל את האם - אף שעבר על איסור תורה, עדיין הוא יכול לתקן את מעשהו על ידי שישלח את הציפור לחופשי. ואם מתה - שוב אינו יכול לתקן חטאו, וחייב מלקות (חולין קמא, א, רמב"ם הל' שחיטה יג, א-ג; שו"ע יו"ד רצב, ו). ואם ירצה ליטול את האפרוחים או הביצים, עליו לשלח תחילה את האם, עד שתברח ולא יוכל לתופסה, שכל זמן שהיא חופפת על הבנים או הביצים אינה בורחת ונוח לתופסה, וצריך לשלחה עד שתסיח דעתה מקינה ותברח.[2] ודין זה נוהג במיני העופות הכשרים לאכילה בלבד, שכן למדו חז"ל שכל מקום שנאמר 'ציפור' הכוונה למין טהור. אבל אם פגש קן של עוף טמא, מותר לו ליקח הביצים או האפרוחים בלא לשלח את האם. עוד צריך לדעת, שדין זה חל רק על ציפורי בר שאינן שייכות לאדם, אבל אדם שיש ברשותו ציפורים שמקננות, כגון יונים מבויתות, כיוון שהן מזומנות לפניו, רשאי לעשות בהן מה שירצה. שכן נאמר: "כִּי 'יִקָּרֵא' קַן צִפּוֹר" דווקא במקרה, ולא קן המזומן לפניו. ולכן מותר לו ליקח מקן שבבעלותו אפרוחים בלא לשלח את האם.[3]

אחד מן התחומים המעניינים בלימוד התורה הוא הבנת טעמי המצוות. אדם שמבין את משמעותה של המצווה מזדהה עימה ורוצה לקיימה. וכך מוצאים אנו רבים מגדולי ישראל שעסקו בביאור טעמי המצוות. אך חובה להדגיש, שברור לגמרי שאין האדם מסוגל להבין את מחשבות הבורא. השכל האנושי המוגבל אינו יכול לקלוט את עומק הכוונה של נותן התורה. ולכן כל טעם וטעם שאנו אומרים אינו אלא הרגשה אישית שלנו כלפי המצווה, אבל בשום אופן איננו טוענים שזוהי הסיבה למצווה זו, וודאי שאיננו מסיקים מסקנות הלכתיות מהטעמים שאנו מבינים מדעתנו. יתר על כן, מצד מסוים עדיף יותר שכל אחד מאיתנו יקיים את המצוות מפני שהקב"ה ציווה אותנו לקיימן, ולא מפני שאנו מבינים את טעמיהן. כי מדרגת המאמין השלם שהוא מקיים את מצוות בוראו למרות שאינו מבין כלל את טעם הציווי. וזהו השבח הגדול של ישראל, שאמרו "נַעֲשֶׂה וְנִשְׁמָע" - הסכימו לעשות עוד לפני ששמעו מה צריך לעשות. מרוב דבקותם בקב"ה היו מוכנים למלא את מצוותיו בלא שום טעם. רק לאחר הנחות היסוד הללו, רשאים אנו לעסוק בטעמי המצוות, ועל ידי כך להוסיף משמעות ושמחה בעת קיום המצוות. שלושה טעמים עיקריים נזכרו למצוות שילוח הקן: האחד, לחזק בליבנו את מידת הרחמנות, שלא ניטול את האם מעל גוזליה, אלא קודם נשלחנה לחופשי, ורק לאחר שתתרחק מן הקן, ניטול את גוזליה (רמב"ן דברים כב, ו, חינוך תקמ"ה, ועיין ילקוט מעם לועז דברים ע' תת"ל). הטעם השני, לנטוע בלבנו יחס עמוק של כבוד לשימור החי. היסוד החשוב ביותר לקיום מיני החי שבעולם הוא היכולת שלהם לגדל את הדור הבא. לשם כך ברא הקב"ה כל מין ומין עם תכונות שנועדו להבטיח את קיומו של הדור הבא. בתכונה הטבעית שעל פיה שומרת הציפור-האם על גוזליה או ביציה ישנו ביטוי עמוק של דאגה ומסירות לגידול הדורות. ואין ראוי שננצל את תכונתה הטבעית של האם, שהיא מגינה על גוזליה, כדי להצליח לצודה. על פי הטעמים הללו, אפשר להבין את השכר שהבטיחה התורה למי שמשלח את הקן, שנאמר "לְמַעַן יִיטַב לָךְ וְהַאֲרַכְתָּ יָמִים", שכל הדבק במידותיו של הקב"ה ומרחם על מיני החי, יזכה לחיים טובים וארוכים. ויתר על כן אמרו חז"ל, שבזכות מצווה זו זוכים עקרים להיפקד, שכשם שהם כיבדו את דאגת האם לגוזליה, כך הם יזכו לגדל ילדים (דב"ר ו, ו; ילק"ש ריש פרשת תצא). עוד טעם נזכר בדברי המקובלים, והוא נוגע למצבנו הלאומי, שבעת שאנו משלחים את האם מעל בניה, והיא מצטערת על גוזליה ומטפחת בכנפיה, מיד עולה זכרונם של ישראל לפני אביהם שבשמים, ומתעוררים עליהם רחמים, שמעת שגלתה השכינה וחרב בית המקדש נתונים הבנים בצרה ובשביה, כיתומים וגלמודים, בלא אם ואב. ובאותה שעה מתעוררים רחמים גדולים על ישראל (ז"ח רות צד, ב, טעמי המצוות לרדב"ז ר"ו. ועיין ת"ז ת' ו' כג, א).

ישנה שאלה עקרונית במצוות שילוח הקן, האם זו מצווה שראוי להשתדל לקיימה, או שרק כאשר אדם חפץ בגוזלים או בביצים, והאם רובצת עליהם, אזי ישלח את האם ורק לאחר מכן יטול את הגוזלים או הביצים. נחלקו בשאלה זו גדולי ישראל. לדעת פוסקים רבים, רק מי שצריך את הגוזלים או הביצים, מצווה שישלח את האם כדי לקחתם. אבל אם אינו צריך להם, אין שום עניין שישלח את האם ויקח את הגוזלים. ולהפך, אם יטול את הגוזלים ללא כל צורך יעבור על איסור "צער בעלי חיים", שכן הוא מצער את האם בחינם. אולם לדעת כמה פוסקים חשובים, כל הפוגש בדרכו קן ציפור, מצווה שישלח את האם ויקח את הבנים, שכן אומר הכתוב: "כִּי יִקָּרֵא קַן צִפּוֹר לְפָנֶיך - שַׁלֵּחַ תְּשַׁלַּח אֶת הָאֵם וְאֶת הַבָּנִים תִּקַּח לָךְ", ואמנם אין צורך לחפש ולחזר אחר קן ציפור כדי לקיים את המצווה, אבל אם נזדמן לפניו קן, מצווה לשלח את האם וליטול הבנים. וכך היא דעת בעל תשובות 'חוות-יאיר' (סי' ס"ז).[4] וישנה דעה אמצעית הסוברת, שאין כאן חיוב גמור על כל המוצא קן ציפור, שישלח את האם ויקח הגוזלים, אלא שאם יעשה כן, למרות שאינו צריך את הגוזלים, מקיים מצווה (פתחי תשובה יו"ד רצב, א, ערוה"ש רצב, ה). ועל פי המקובלים הידור מצווה שכל אדם ישתדל לחפש קן ציפור, כדי לקיים לפחות פעם אחת בחייו את מצוות שילוח הקן. יתר על כן אמר האר"י ז"ל (שער הגלגולים הקדמה ט"ז), שכל יהודי צריך לקיים את כל המצוות שהוא יכול לקיים, ואם התרשל ולא קיים מצווה אחת, נשמתו תצטרך לחזור לעולם הזה בגלגול חוזר, כדי להשלים את קיומה של אותה המצווה. ואם לא קיים את המצווה מפני שלא הזדמן לפניו קן ציפור, אז כשיחזור בגלגול השני, מובטח לו שלא יחטא בחטאים אחרים. אבל אם נזדמן לפניו קן ציפור ולא שילח את האם, צריך לחזור בגלגול חוזר, ואין מובטח לו שלא יחטא. ולמעשה, לשתי הדעות בסיס בהלכה, וכל אדם רשאי לבחור כמי לנהוג. וצריך לומר שברור שמי שינהג על פי דעת הפוסקים שאין מצווה לשלח את האם אם אינו צריך את הגוזלים, לא יחזור עקב כך לעולם הזה בגלגול נוסף. שכן רק מי שנהג שלא כהלכה יכול להענש, אבל אם יטען: "אני נהגתי על פי דעת כל הפוסקים המפורסמים הסוברים שאין מצווה לשלח את האם בחינם" ודאי שלא יענש, שכן יש לו על מי לסמוך. וכן לצד השני, הרוצה לחפש את מצוות שילוח הקן וליטול את הגוזלים או הביצים למרות שאינו צריך אותם, אינו עובר בזה על איסור צער בעלי חיים. שכן רק המצער בעלי חיים בחינם עובר על איסור, אבל אם הוא עושה זאת לצורך, כגון לצורך קיום מצווה, אין בזה איסור.

כפי שלמדנו, לדעת הרבה פוסקים, אדם שאינו צריך גוזלים או ביצים, אין שום מצווה שישלח את האם ויקח את הביצים או הגוזלים בחינם. אבל לדעת חכמי הקבלה, ראוי לחפש קן ציפור כדי לקיים בו לכל הפחות פעם אחת בחיים את מצוות שילוח הקן. ועתה נבאר כיצד לקיים את המצווה. מצוות שילוח הקן שייכת רק במיני ציפורים טהורים. לפיכך צריך לדעת להבדיל בין המינים הכשרים לאכילה לטמאים. המינים הטהורים המצויים בסביבתנו הם: יוני בר, תורים, דרור הבית ושחרור. עוד צריך לדעת להבחין בין הזכר לנקבה, שכן מצוות שילוח הקן היא רק כאשר האם רובצת על אפרוחיה. בפועל רוב שעות היום הזכר רובץ. למשל ביונים ותורים, האם רגילה לרבוץ על הביצים והאפרוחים בערך משעה חמש לפנות ערב ועד שבע בבוקר, ואם ישלח אותה - יקיים המצווה. אבל אם יבוא באמצע היום, סביר שימצא שם את הזכר, ואם ישלחנו ויקח הגוזלים - לא יקיים שום מצווה. עוד צריך לדעת שאם הקן נבנה בתוך חצרו המשתמרת, או על גגו, כיוון שברגע שהאם התעופפה מעל קינה, חצרו קנתה עבורו את הביצים והאפרוחים, מותר לו לקחת אותם בלא שילוח. ואם ירצה לקיים את המצווה, צריך להתנות מיד בעת שהציפורים יתחילו בבניית קינם שאין הוא רוצה שחצרו תקנה את הביצים או האפרוחים, ואז הם יהיו מופקרים ויוכל אח"כ לקיים בהם שילוח הקן. וכיצד ישלח? לדעת הרמב"ם (הל' שחיטה יג, ה) צריך לתפוס את האם בכנפיה ולשלחה, ואילו לדעת רש"י ועוד פוסקים גם אם יקיש על הקן במקל ויבריח את האם מקיים המצווה. למעשה, נהגו לשלח האם על ידי הקשה במקל על הקן. לאחר שהאם תפרח באופן שלא יכול יותר לתופסה, יקח את הביצים או הגוזלים. ומה יעשה בהם? לדעת רוב הפוסקים צריך לקחתם לעצמו. יש אומרים שצריך לקחתם לצורך אכילה, לפיכך צריך להקפיד שהביצים יהיו ביום הראשון להטלתן, שרק אז הן כשרות לאכילה, שכן אח"כ מתחיל האפרוח להתרקם בתוכן והן אסורות באכילה. וכן לגבי הגוזלים, צריך להקפיד לקחתם בעת שיהיו בני כמה ימים, שרק אז נפתחים עיניהם והם כשרים לשחיטה. ויש אומרים שגם אם יקח הביצים או האפרוחים כדי להתבונן בהם - יוצא ידי חובה. ולפי שיטה זו אין צורך להקפיד על עיתוי לקיחת הביצים או האפרוחים. ולדעת החכם צבי (פ"ג), אם יפריח את האם באופן שיוכל ליקח את הביצים או הגוזלים, כבר קיים את המצווה, שעיקר המצווה היא השילוח, ולאחר מכן, אם אינו צריך את הגוזלים או הביצים - ישאירם בקן וילך. לגבי ברכה, יש אומרים שצריך לברך בעת שמשלח האם. אבל לדעת רוב הפוסקים אין מברך, וכך היא דעת הרשב"א (שו"ת ח"א י"ח). למעשה, אין לברך על המצווה, והרוצה להדר יכול לומר בלא שם ומלכות: "ברוך אתה מלך העולם אשר קדשנו במצוותיו וצוונו על שילוח הקן", ובמקום לומר את שם השם יהרהר את השם בליבו.