בימות החול, לאחר שהתפלל רבינו יוסף חיים – הבן איש חי זיע”א שחרית כותיקין, בעוד שהוא מעוטר ומוכתר בטלית ותפילין, פתח פיו בחכמה כחצי שעה בהלכות פסוקות. אחר כך, היה לומד עם הקהל 'עין יעקב' בהסבר נאה, ואת חידושיו מלימוד זה, הוציא לאור כספר 'בניהו' ו'בן יהוידע'. ובודאי שלא חסך מקהל עדתו אף את הלימוד הקדוש של 'חוק לישראל'.

מספרים כי סדר יומו היה קבוע, ובמשך חמישים שנה לא השתנה כלל עד לפטירתו. ראשית היה מתעורר כל לילה בחצות, ומיד מיהר לטהר את עצמו במקוה. אחר כך אמר ברכות השחר ומיד נפנה לקונן על חורבן בית המקדש. לאחר מכן פייט שבחים לבורא, עד הגיע זמן תפילת שחרית כמנהג הותיקין, אותה התפלל בבית הכנסת-הקטנה. לאחר התפילה, בעודו עטוף בטלית ומעוטר בתפילין, נתן שיעור במשך כשעה וחצי למאות המתפללים ב'שולחן ערוך' – 'אורח חיים' ו'יורה דעה'. לאחר מכן המשיכו ב'עין יעקב' וב'חוק לישראל', וכשסיימו - נטו כולם לביתם לסעודת פת שחרית. אחר כך היה יושב הבן איש חי כמה שעות להכין רשימותיו, תשובותיו לשאלות שהופנו אליו וכן לכתיבת ספריו. אחר כך סעד את סעודת הצהריים ולאחריה היה נח זמן מועט. אחר כך החל לקבל קהל בשאלות ובפסקי הלכות, בוררויות, שלום בית ועצות בעניינים שונים. לאחר מכן התפלל תפילת מנחה ולאחריה נתן שיעור במשך קרוב לשעה בענייני פרשת השבוע. אחר כך התפללו ערבית, ולאחריה קיים את סעודת הערב שבסיומה היה יושב להמשך כתיבת ספריו. משם פנה לומר קריאת שמע על המיטה ולנום את שנתו. וכך חוזר חלילה בכל יום.

מספרים, כי כל ארבע שנים היה גומר הבן איש חי זיע”א את סדר הלימוד ב'שולחן ערוך' - 'אורח חיים' ו'יורה דעה' עם צאן מרעיתו, וקודם שהיה חוזר עליהם חלילה מחדש, היה עורך ביום הסיום - סעודה גדולה, שאותה מימן מכיסו וממונו, והיה מזמין אליה את כל חכמי העיר. ובסעודה זו נהג לומר חידושי-תורה שעוד לא שמעה אוזן מעולם.

מספרים, כי פעם הגיע לבבל נציג של 'אליאנס', בתקופה שכבר הבן איש חי זיע”א גילה את תרמיתם. הלה הגיע לבית המדרש של הבן איש חי, כשהוא לבוש כמו הצרפתים המשכילים: חליפה שחורה מחוייטת וכובע. רצה אותו נציג להיכנס לדבר עם הבן איש חי שיתן 'הסכמה' לבית ספרם. אך הבן איש חי סימן לו שילך. אחרי שהלה יצא, אמר הבן איש חי לתלמידיו שסבבוהו באותה העת: "אתם רואים, הס"מ (השט"ן) וכל גונדא דיליה - כל החיילים שלו - נראים כמוהו - שחורים עם מכנסיים! ואילו כל מלאכי השרת נראים כמונו - לבנים עם גלימות"!