כמה ימים קודם פטירת רבינו יוסף חיים זיע"א, רצה ללכת להשתטח על מצבת אדוננו יחזקאל הנביא זיע"א, כדרכו בקודש. ובס"ד זכה לכך בימיו האחרונים, ואחר כך נפטר מעולם הזה ויעל אל על, ביום י"ג באלול התרס"ט. על כסא תורתו ישב מעת י"ג אלול התרי"ט, סך הכל חמישים שנה תמימות, מיום ליום, זיע"א. אחר שהביאוהו לבבל, כל יושבי העיר - אנשים נשים וטף, לאלפים ולרבבות, מגדול ועד קטון - הלכו בשעת לילה מאוחרת לקבלו ולחלוק לו כבוד אחרון. ובכל יום משבעת ימי האבלות, סגרו חנויותיהם ובטלו מלאכותיהם ונתקבצו בבית הכנסת-הגדולה ושמה הספידוהו וקיננו עליו, הוי אדון והוי הודו.

מספרים, כי בליל י"ג אלול התרס"ט, אחר חצות הלילה, היה חכם רבי אברהם עדס זיע"א עוסק בתורה כדרכו בקודש, בביתו בירושלים. לפתע נתנמנם, והנה רואה הוא בחלומו כי חכם רבי אברהם לניאדו זיע"א, הולך כשהוא לבוש בגדי לבן. שאל אותו רבי אברהם עדס: "להיכן הולך"? ויענהו: "דע לך כי נפטר הרה"ג רבי יוסף חיים בעיר תהילה בבל, ואני הולך להביאו לירושלים". וייקץ מתנומתו. ויישן ויחלום שנית, והנה באה מטתו של רבינו יוסף חיים זיע"א, וקהל גדול עומדים על רגליהם, ויעמדו כמה רבנים מגדולי ירושלים ויספידוהו מספד גדול וכבד מאוד. ויתעורר שנית והנה חלום. אז, עוד לא היתה שום ידיעה מעניין זה בירושלים. ומספרים, כי באותו הלילה, חלמו יחדיו חלום כמעין זה גם חכם-רבי בן ציון מרדכי חזן זיע"א וחכם-רבי יהושע שרהבני זיע"א, שדרו אף הם בירושלים. וחלמו כי רואים הם את מיטתו של הבן איש חי, מובלת בשמים מעיראק לירושלים, וכי נקבר בהר הזיתים. משקמו בבוקר, נבהלו מהאפשרות שהצדיק נפטר, וכל אחד שתק כדי לא לבשר בשורה לחבריו. לאחר תפילת שחרית נפגשו שלושתם, וכל אחד הסתיר ידיעתו מחברו. לפתע ניגש חכם נוסף לרבי יהושע שרהבני ושאל אותו: "כלום יש איזו ידיעה מרבינו וחולשתו"? שתק רבי יהושע והביט לעבר שני חבריו, ומבטם נפל אחד על השני והראו צער. החכם הנוסף שאל: "מה? נפטר"? ומששתקו, ספק כפיו ואמר: "וי"! ואז התפרצו שלושת החכמים בבכי חרישי ומחו דמעתם על הצדיק. רק כעבור כמה שעות הגיע המברק מבבל לירושלים, בו מודיעים כי: "הגאון רבי יוסף חיים עלה בסערה השמיימה בליל אמש". ויהי כשמוע רבי אברהם עדס תוכן דברי המברק, סיפר להם מה שראה בחלום בחזיון לילה ואף את סדר הלוויה. ויעשו כדבריו, ויעמידו את אותם הרבנים הגדולים מיקירי ירושלים ויעשו עליו מספד גדול וכבד מאוד, כפי שהיה בחלום ממש.

מספרים, כי בליל פטירת הבן איש חי זיע"א, נשמעה דפיקה על דלת ביתו של תלמידו חכם-רבי בן-ציון מרדכי חזן זיע"א שהיה דר בירושלים באותם ימים. בפתח עמד אחד מחופרי הקברים של החברא-קדישא לעדת הבבלים, וביקש מרבי בן-ציון שישלם לו סך 400 פרוטות עבור קבורת הצדיק רבי יוסף חיים מבגדאד. השמועה על הפטירה עדיין לא הגיעה לירושלים מחוסר קשר עם בגדאד ועל כן התבלבל רבי בן ציון לשמע הידיעה המעציבה הנוראה. לשאלת רבי בן-ציון מי שלח אותו אליו, נענה כי בני משפחתו של הבן איש חי, אמרו לו בסיום הלוויה שיגש לרבי בן ציון חזן תלמידו, והוא ישלם את הסכום המלא. חופר הקברים עמד בתוקף לקבל את הכסף, כי טען "במו ידי קברתיו". רק לאחר שחופר הקברים ציין במדויק היכן קבר אותו והסכים לקחת את רבי בן ציון להר הזיתים, ולהצביע על המקום המדוייק, מסר בידו רבי בן-ציון את מלוא הסכום. ומספרים, כי אחר שנודע דבר פטירתו של הבן איש חי, פנה רבי בן-ציון לחברא-קדישא של עדת הבבלים, על מנת לברר על אותו קברן, והנה נודע לו כי אותו קברן נפטר בדיוק. ומספרים, כי בכל שנה ושנה היה עולה רבי בן-ציון למקום ציוּן זה בהר-הזיתים, בליווי עשרה אנשים, ואומר שם קדיש לעילוי נשמת הבן איש חי. לימים הקימו שם מצבה ועליה כתוב את תמצית סיפור זה.

מספרים, כי אחר פטירת הבן איש חי זיע"א, היתה תמיהה גדולה אצל הקהל בדבר עניין פטירתו חוץ לביתו. על כן הוכרח חכם רבי שמעון אגאסי זיע"א לגלות זה בפרהסיה באמצע דרשתו והספדו, ביום הראשון מימי השבעה. וכך אמר - שנגלה לו, כי הבן איש חי הוא שורש מיוסף הצדיק זיע"א, ובהכרח צריך להיות הפטירה במקום אחד והקבורה במקום אחד, דוגמת יוסף הצדיק זיע"א, שהעלו עצמותיו. ומספרים, כי בהספד זה אמר רבי שמעון כי מי שהגיע ללוויית הבן איש חי – הרי הוא מזומן לחיי העולם הבא. ואף מי שרצה לבוא ללווייה, אך לא ידע על קיומה בלילה ולכן לא בא – אף הוא מזומן לחיי העולם הבא.

מספרים, שכאשר היה חכם רבי יעקב מוצפי זיע"א נער בן עשר שנים, זכה להיות נוכח בלוויתו של הבן איש חי זיע"א. כשראה זה הנער את רבבות המלווים שהגיעו ללוות למנוחות את רבם הגדול, התרגש מאוד ובלי תשומת לב פלט מפיו משפט קצר: "ריבונו של עולם! מבטיחך אני הקטן שכאשר אגדל, אשא אשה, ואוליד בן – אקרא לו בשם הצדיק הקדוש שהלך לעולמו – יוסף". השנים עברו. הנער התבגר, התחתן, אך הנדר נשכח מליבו, ולא נזכר בו אף כשנולד לו בנו בכורו. בליל הברית, ישב רבי יעקב ועסק בלימוד הזוהר הקדוש, כנהוג בלילה זה. תוך כדי לימודו נפלה עליו פתע פתאום שינה, והנה הוא רואה בהקיץ ממש, את הבן איש חי עומד לפניו בכל הדרו. הוא זיהה אותו מתמונתו המפורסמת שהיתה נפוצה בכל בית בבבל. "חכם יעקב"! קרא אליו הבן איש חי במתק שפתיו, "ההנך זוכר את נדרך שנדרת לה' בילדותך עת נדחפת בין ההמונים שליווני אל מנוחתי? עתה הגיעה העת שתקיימנו"! רבי יעקב התעורר בבהלה ומיד למד משנה אחת ונדר צדקה לעילוי נשמתו של רבו הקדוש, תוך שהוא מודה לה' יתברך שזיכה אותו לראות את פני הבן איש חי בחלום ועל שהטריח עצמו לבוא ולהזכירו את מה שנדר לפני שנים רבות. למחרת בעת הברית, התפלאו בני משפחתו של רבי יעקב למשמע אוזניהם בעת בה קרא לבנו בכורו בשם יוסף, שכן ידוע היה להם כי שם אחר הוא שעתיד להקרא בו הבן. אך בסעודת המצוה סיפר רבי יעקב את חלום הלילה האחרון, ונחה דעתם של כל בני המשפחה.

מספרים על רבינו יעקב זיע"א, בנו יחידו של הבן איש חי זיע"א, שנתבקש לדרוש במקום אביו בשבת שאחר הפטירה. עמד רבינו יעקב על בימת בית המדרש כאביו, והחל לדבר. אט אט החלו להישמע קולות מכל כיווני בית המדרש - "לא שומעים!", "נא להגביר את הקול"! לאחר כמה פעמים, משניסה לדבר בקול ולא הועיל, עמד רבינו יעקב, פנה אל הציבור ואמר: "אין אני כאבי, זכר צדיק לברכה, שאת קולי לא שומעים - כי אני בן אדם רגיל, ואילו אבי - שכינה היתה מדברת מתוך גרונו, ולכן גם אלו העומדים בחוץ, רחוק מהבימה - שמעו קולו כאילו מדבר באזנם".

מספרים, כי מיום שהבן איש חי זיע"א נלקח לבית עולמו, התחילו לילך ולהשתטח על מצבת קבורתו רוב תושבי העיר, לערך חמישים אלף, בכל יום ערב שבת-קודש. ולפי שבית החיים הוא סמוך לשכונת הישמעאלים, 'המה ראו כן תמהו', והתחילו להיות שואלים ודורשים – "על מה זה נוהרים המונים המונים בכל יום ערב שבת-קודש"? והשיבו להם – "כי פה נגנז ארון התורה, חכימא דיהודאי, דמי לבר א-להין". ומספרים, כי גוי אחד אחזה בו אש הקנאה, עד לכדי שהחליט בזדון להקניט את היהודים על מנת לבזותם, ובא פעם בתוך הקהל הקדוש שנתקהלו בסמוך למקום הקבורה, וקרב אל מצבת הקודש וגילה כנף בגדיו כדי לעשות צרכיו חלילה וחס, על מצבת קבורתו. והנה הגוי האומלל, נאחז לפתע פחד גדול ונפל שדוד ארצה. וחבריו, בראותם את כל זה, הביאו חמור וישאוהו עליו והוליכוהו לביתו, וסבל שלושה ימים יסורים קשים ומרים, ולבסוף - המיטה שעלה עליה - לא ירד ממנה וימות בה. ויהי לאות למתקנאים, 'כן יאבדו כל אויבך ה'!'. ומהיום ההוא והלאה התחילו להוקיר את מקום קבורת הבן איש חי ולכבדו גם הגויים - ולהדליק לו נרות ועוד אף היו נודרים ונדבות בעד רפואתם.

מספרים, כי ילד אחד יהודי, נתקף במחלה קשה וניטל ממנו כוח הדיבור, ונתאלם לגמרי. כששמעו קרוביו את מעשה הגוי וקברו של הבן איש חי זיע"א, לקחוהו אמו ואחותו והלכו להם על מצבת הקבורה, ושפכו שיחתם ודמעתם ונשתטחו על קבורתו והעלו עפר על ראשן. ומספרים כי גמלה בלב האם ובתה ההחלטה, כי לא ימושו מתוך המקום הקדוש, עד שיפַתח פה הילד ויתחיל לדבר. וזכות הבן איש חי עמדה להם, והחל הילד לדבר כבראשונה.

מספרים, כי בראשית שנות השישים נהרס בית-הקברות היהודי בבגדאד, בו היה גם קברו של הבן איש חי זיע"א, על ידי השליט העיראקי עבד אל-כרים קאסם שר"י שהפקיע את אדמת בית-הקברות. אולם, קודם הפקעת בית הקברות, נתן שליט זה כשלושה חודשים לכל מי שחפץ – להעביר את קברי אהוביו אל בית הקברות החדש. ומספרים, כי חכם רבי דוד זיע"א, נכדו של הבן איש חי, דאג להעביר את קברו של סבו אל בית הקברות החדש. לעומתם יש מספרים, כי כשפתחו את קברו של הבן איש חי מצאו קבר ריק. אך על כל פנים, נכון להיום כולם יודעים לספר, שאף על פי שיש בנמצא מפות עדכניות של בית הקברות החדש יותר בבגדאד, לא מופיע שם כלל קבר הנושא את שמו של רבינו יוסף חיים זיע"א.

מספרים, כי ביתו של הבן איש חי זיע"א, VHV נחשב לבית קדוש בעיני כל בני הדתות בבגדאד, אף שנים רבות לאחר פטירתו, והיה נקרא בפי כל 'בית-אלחכם'. פעם אחת, כחמש עשרה שנה לאחר פטירת הבן איש חי, עבר ילד יהודי כבן עשר ליד הבית הקדוש, וראה אשה ערבייה שניגשה אל פתח הבית. לאחר שהניחה על מפתן הבית את הסלים והקערות שהיו על ראשה, הזדקפה, הושיטה ידה אל-על והניחה אותה על המזוזה. אז החלו שפתיה רוחשות תפילה: "בשם הא-ל הרחמן רחום, אנא החכם היהודי הקדוש, הצדיק האלוקי, בקש רחמים על בני חסן השוכב במיטת חוליו, שיתרפא, אמן. רחם עלי אני שפחתך, בקש עלי רחמים לפני א-לוקיך, הוא ישמע ממך, אני בטוחה. ובאם משאלותיי אלו יתמלאו, כשם שנעניתי לשכנה שלי, אני נודרת כאן לפניך נדר, אני אשלח סעודת צהריים כשרה בשחיטת היהודים לכל תלמידי מדרש תלמוד תורה היתומים, שיאכלו ויברכו ויבקשו עלינו רחמים", נישקה הערבייה את המזוזה פעמים רבות, ואמרה "אמן". משהבחינה אותה ערבייה באותו ילד מביט במעשיה, ניגשה אליו ואמרה: "שים את ידך על מזוזה זו ונשק אותה, כי היא מקור הרפואה ומעיין הטוב, היא נמצאת בביתו המבורך של גדול רבני היהודים, בקש את כל אשר תרצה ויינתן לך", הילד ציית לדבריה, והיא הוסיפה לומר: "תזכור בני ואל תשכח, בכל פעם שאתה עובר ליד בית קדוש זה הנח ידך על המזוזה, ונשק אותה ותבקש שא-לוקים ישמור אותך מכל רע". לאחר מכן פנתה משם והלכה לדרכה, תוך שהיא פונה כל כמה צעדים אל הבית הקדוש שולחת את ידיה אליו ומנשקת את קצות אצבעותיה.