מופתים נקשרים תמיד במעשיהם של צדיקים, משום שהצדיקים עומדים במקומות שהם מעל הטבע וקרובים יותר לה' ועל כן יכולים לפעול בשמים, יותר מכל אדם אחר. כך היה גם רבינו יוסף חיים - הבן איש חי זיע"א, ובפשטות ותמימות מרובה היה עוזר לכל, ועל כן לא פלא שסיפורי מופתים רבים נקשרו בשמו.

מספרים, כי פעם אחת ביקר את הבן איש חי זיע"א, הרב השוחט משה בר-אמון זיע"א, עת קיבל את סמיכתו כרב ושוחט בבגדאד. הרב השוחט חש בקדושתו של הבן איש חי וקיבל יראת שמיים גדולה רק מראייתו. לאחר שנישק ידיו, ביקש הרב השוחט כי יברכהו שישוב לביתו בשלום מסכנת הדרכים, שאיימה אז על כל עוברי אורח. הבן איש חי, קודם שנענה לבקשת הברכה, פתח את המגירה שהיתה לידו והוציא ממנה ספר קטן שאותו מסר בידי אורחו, באומרו לו: "קבל ספר קטן זה במתנה ממני והוא יגן עליך וישמרך בכל דרכיך". ואחר שנישק הרב השוחט שוב את ידי מארחו, בירך הבן איש חי את אורחו תחת ידי קודשו בברכת כהנים. פנה הרב השוחט לדרכו, ובסיעתא דשמיא הגיע חזרה לביתו בשלום. לאחר חמש שנים, נעשה הרב השוחט לסוחר, ובאחד הימים אף נאלץ לשוב לבגדאד בשיירת ישמעאלים, במסע של כעשרה ימים. במהלך המסע, נקרו לקראת שבת לכפר כורדים, בו שכנו גם כמה יהודים, וכן 'דאודים', אשר מאמינים הינם בספר התהלים ובדוד המלך. פנה הרב הסוחר אל ראש השיירה ואמר לו כי אין הוא מוכן להמשיך וליסוע בשבת ועל כן תמשיך השיירה במסעה והוא ישתדל למוצאם שוב עם צאת השבת. את השבת עשה הרב הסוחר אצל ידיד משפחתו שמצא באותו הכפר. ועם צאת השבת הפקיד ידיד המשפחה את הרב הסוחר בידי גוי מגודל בעל שפם עבה שהיה חמוש מכף רגל ועד ראש. "זהו האדון שעליך ללוותו עד מקום הימצא השיירה ותדאג שלא יאונה לו כל רע" אמר ידיד המשפחה לגוי המגודל והמשופם והבטיח לו תוספת-שכר עם סיום המשימה. עם עלות השחר יצאו השניים אל הדרך המסוכנת. לאחר שהחלו מתרחקים מהכפר, חש הרב הסוחר כי מלווהו החל להאט את מהירות סוסו והשתדל להימצא כל הזמן מאחוריו. הרב הסוחר החל לרעוד מפחד במדבר השומם, ועל כן תחב ידו בכיסו והוציא משם את הקמיע שקיבל חמש שנים קודם לכן, מהבן איש חי. היה זה ספר קטן. ספר תהלים. החל הרב הסוחר לקרוא בו בלחש כמה מזמורים, וכשהגיע לפסוק 'ה' רועי לא אחסר' שמע את שעטת סוסו של הגוי, שהתקרב אליו בדהרה ופקד עליו לעצור. "אמור לי מיד מה אתה מחזיק בידיך"! ציווה עליו המלווה הגוי. "אני מתפלל בספר זה", ענה הרב הסוחר. "למי אתה מתפלל ומה טיבו של הספר אשר בידיך"? הקשה המלווה. "זה ספר תהלים שחיברו דוד המלך עליו השלום, ובו אנחנו קוראים בוקר, צהריים וערב, כדי שדוד המלך יבוא לעזרתנו בכל עת צרה ומצוקה", השיב הרב הסוחר. המלווה הגוי ביקש כי יחזור שוב על דבריו ולהסבירם היטב, וכך עשה הרב הסוחר. אז נאחז המלווה הגוי ברטט ורעדה, יראה ופחד. "אני משביעך בא-לוקים שתגיד לי, האם באמת זהו הספר 'זבור' של אדונינו דאוד? האם אין אתה משטה בי"? שאל המלווה הגוי ברוב אימה. הרב הסוחר השיב בחיוב. ניגש המלווה הגוי אל הרב הסוחר שהיה על סוסו, אחז בשתי רגליו והחל לנשקו מכף רגל ועד ראש, ותוך שהוא בוכה ומתייפח אמר: "אנא סלח לי לאשר רציתי לעולל לך, חטאתי לא-לוקים ולנבי דאוד, אנא בקש עלי רחמים וסליחות"! לאחר שנרגע, סיפר המלווה הגוי לרב הסוחר כי זמם לרצוח אותו בירייה בגבו, לקבור אותו במדבר זה, לקחת את כל מיטלטליו ולשוב לביתו. "אוי לי אילו הייתי עושה זאת, שהרי אנחנו הדאודים מאמינים אך ורק בדוד המלך, אנשים אחים אנחנו ואיך הייתי חוטא לא-לקים ורוצח את אחי למען בצע כסף"? חיבק הרב הסוחר את מלווהו והבטיח לו כי יתפלל בעבורו שעוונו יכופר, והמשיך באמירת מזמורי התהלים. נרגע המלווה הגוי ופנה אל הרב הסוחר בבקשה לקנות ממנו את ספר התהלים, תוך שהוא מוכן לשלם כל מחיר. ענה לו הרב הסוחר כי אין הוא מוכן למכור ספר זה בכל סכום שיהיה, שהרי זו מתנה יקרה מהבן איש חי, והיא שהצילה אותו ממוות.

מספרים, כי הבן איש חי זיע"א רכש לו אחוזת אדמה, שהייתה ממוקמת דרומית לבגדאד. באחד החורפים הקשים, עת פקד את האיזור שיטפון, עלו מי הפרת על גדותיהם והציפו את כל האחוזות הסמוכות לנהר, שאף שכנו בסמוך לאחוזת האדמה של הבן איש חי. אך הנה רק הגיעו המים לאחוזתו, נעצרו והקיפוה, והמשיכו לאחוזות הסמוכות. ונס זה עשה קידוש ה' גדול לעיני העמים.

מספרים, כי בעוד רבינו יעקב זיע"א, היה מתגורר בביתו של מו"ר אביו - הבן איש חי זיע"א, הופיע פעם אחת המשרת בחדרו של רבינו יעקב ומסר לו כי אביו מבקש שיגש אליו מיד. באותה עת עמד רבינו יעקב בתפילה מיוחדת שהופנתה כנגד מישהו, על פי הכוונות הקבליות. מיד פסק הבן מעיסוקיו ורץ לקיים מצות 'כבד את אביך'. רק כשהגיע לחדרו של אביו, נודע לו כי אביו – הבן איש חי חש ברוח קודשו היטב במעשי בנו, וקרא לו על מנת להפסיקו מתפילתו ולהפר את כוונותיו שלא מצאו חן בעיניו.

מספרים, כי בבגדאד היה סוחר אמיד שנודע גם כקלע אמיץ וגיבור מאין כמוהו, עד שכל ערביי האזור רעדו מפניו. שמו היה אפרים קרעין. הוא אף היה אחד מששת הגיבורים אמיצי הלב שעלו אחר פטירת רבינו עבדאללה סומך זיע"א, איש על כתף חברו, עד שהגיעו לראש חומת קברו של יהושע כהן גדול שקבור בבגדאד, פתחו את בריחי שערי החצר וקברו שם את רבינו עבדאללה, בניגוד להוראות המושל שהיה שונא ישראל. כששמע הבן איש חי זיע"א על אפרים, ביקש ממנו להיות לו כשומר ראש ומלווה. אפרים נענה בחפץ לב ועם זאת לא הסכים לקבל תשלום על שירותו. ומספרים, כי פעם אחת התלווה אפרים למסעו של הבן איש חי לכפר בו קבור עזרא הסופר, ואפרים בחר לקחת עמו את רעייתו ובנו הקטן. אך איתרע מזליה ונתהפכה הסירה בה שהו רעייתו ובנו, וכל החיפושים אחר גופות הטובעים עלו בתוהו. הבן איש חי נחלץ לעזרתו של שומר ראשו, נעמד בעצב על גדות הנהר, לחש בפיו בקשות שונות, ולאחר מכן פנה אל הנהר ואמר: "נהר נהר, מחר אנחנו חוזרים לבגדאד, הוצא את גוויות הנטבעים, כדי שנוכל לקחתם יחד איתנו". וראו זה פלא, הנה אך יצאו אלו המילים מפיו – מיד עלו הגוויות על פני המים וצוות החילוץ משה אותם אל החוף. כולם עמדו שם נדהמים למראה עיניהם, וגוי אחד שעמד שם אף הגדיל לעשות בנופלו למרגלות הבן איש חי תוך שהוא מנשק רגליו ומצהיר: "הא-לקים של היהודים – הוא האל האמיתי".

מספרים, כי פעם אחת התקשתה בלידתה אשה יהודייה בבגדאד, ונמצאה בסכנה גדולה. כל מאמצי הרופאים עלו בתוהו. הוריה אף הביאו מספר רבנים בשכר שיקראו תהלים ליד חדרה – אך גם זה לא סייע לה באותה עת. בצר להם פנו ההורים אל חביבה אל-מאשטי, שהיתה בת בֱיתו של הבן איש חי זיע"א, בבקשה שתבקש את ברכת הרב. אך התקרב משרתו של הבן איש חי אל חדרו, על מנת לבשר לו על בואה של חביבה ועל בקשתה, נפתחה הדלת ובפתח עמד הבן איש חי שמיהר למסור לידי המשרת פתק שבו רשם סגולה אחת, תוך שהוא מוסיף ואומר: "רוץ ותן פתק זה לחביבה אל-מאשטי ואמור לה שתמהר ללכת אל היולדת ולשים פתק זה על בטנה". ראו זה פלא, כל זאת עשה ברוח קודשו עוד קודם שמשרתו הספיק לומר מילה בעניין. מספרים, כי חביבה לקחה את הפתק, נישקה אותו ועשתה כדברי הרב. זמן לא רב אחר כך כבר זכתה האם המאושרת להחזיק בחיקה בן זכר, וכשמלאו לו שמונה ימים – קראו לו יוסף, על שם רבינו יוסף חיים, זיע"א.

מספרים, כי פעם אחת קרה בבגדאד, שאחר שבחור ובחורה התארסו, גילה הבחור המאורס כי לארוסתו יש מחלה בעיניה ועל כן החליט לבטל את האירוסין. הדבר פגע קשה בבחורה, ובצר לה עזבה את ביתה ועקבותיה נעלמו. כל מאמצי ההורים והמשטרה למוצאה – עלו בתוהו. לאחר שהחיפושים אכן לא נתנו תוצאות תקווה, פנו ההורים אל הבן איש חי, וסיפרו לו על מקרה מצער זה, אולי מן השמים יגלו לו את הנסתרות. כאשר שמע את הסיפור, שלח את משרתו ואמר לו: "לך אמור להם כי בתם חיה ובריאה ונוסף לכך בקרוב תהיה שמחה גדולה, וכעת היא נמצאת אצל דודתה ברחוב פלוני". וכך היה, ממש על פי רוח קודשו, והתברר כי דודתה הסתירה אותה בביתה עד שתירגע מפרידתה הקשה, וכן עוד, לא עבר זמן רב עד שהכיר הבחור בטעותו, וגעגועיו לנערה בשל היותה בעלת מידות-טובות לא נתנו לו מנוח, ועל כן חזר בו מהחלטת הביטול והחליט לקחת את הנערה לאשה, ואכן היתה שמחה גדולה.

מספרים, כי הרבנית, רעייתו של המולא קוצ'יק הוא החכם-רבי רחמים מלמד הכהן זיע"א, היתה בהריון בתחילה, שש פעמים, אך רק בת אחת, השלישית בסדר הלידות, שׂרדה בס"ד את אלו ההריונות והצליחה לגדול וברבות הימים אף להקים משפחה. שאר אחיה ואחיותיה נפלו הם עוד בעת ההריון, או שנפטרו עוד בהיותם רכים בשנים. ליבם של רבי רחמים, שהיה מגדולי רבני שיראז שבפרס, ורעייתו הרבנית - היה רצוץ וכאוב. בהריון הבא, כאשר היתה הרבנית בחודש התשיעי להריונה, כבר לא יכול היה רבי רחמים לשאת את הכאב, ועל אף הפצרותיה של רעייתו הרבנית ושל אביה, החליט להתלוות לשיירת עשירים שעשתה את דרכה לקברו של עזרא הסופר ויחזקאל הנביא בבגדאד, ולשאת שם תפילה להצלחת הלידה. בדרך, התענה רבי רחמים ולא בא אוכל לפיו, לכפרת עוונותיו. באחד הכפרים בדרך, קיבל רבי רחמים טלגראף שבישר לו כי בסימן טוב נולד לו בן. וכך, כשהוא מלא דאגה לרעייתו וחששות רבות לגורל בנו ותוך שהוא מיצר על שלא נמצא בעירו, הגיע רבי רחמים יחד עם השיירה לציון עזרא הסופר. ראשית כל הלך לטבול לטהרתו, אחר כך לבש בגדי לבן, השתטח על הקבר ואחר כך קרא תהלים בכוונה עצומה עד לאשמורת הבוקר. אז, פנה לתלמידי החכמים שישבו בסמוך לקבר ואמרו תיקון חצות, וביקש מהם שיקראו תהלים במניין, ונתן להם מראש שכר כספם על כך. כששאלו לשם התינוק, ענה להם רבי רחמים שיתנו לו שם כרצונם, והם קראו לו עזרא ציון, על שם עזרא הסופר והציון שלו. מיהר רבי רחמים ושלח לעירו בטלגראף את השם שנבחר. אחר כך פנתה השיירה לקבר יחזקאל הנביא, שם עשה רבי רחמים את אותו סדר שעשה בקבר עזרא הסופר. ומספרים, כי ארבעים יום היה רבי רחמים בבגדאד, ובאחד הימים פגש ביהודי בשם פרגי שהיה אחד המתפללים בבית-הכנסת בו התפלל הבן איש חי זיע"א. פרגי, שכבר שמע את סיפורו של רבי רחמים, החליט לקחת אותו באחד הבקרים לבית הכנסת של הבן איש חי. הלך עמו רבי רחמים, ושם כתב במכתב את סיפורו בקצרה, תוך שהוא מוסיף לדברים אלו כמה טעמים מתוקים בראשי וסופי תיבות על שמו של הבן איש חי – 'יוסף חיים'. אחר כך לקח אותו פרגי לבית הבן איש חי, שם סיפר לבן איש חי על רבי רחמים שהוא רב ודרשן של שיראז, ונתן לו את מכתבו. קרא הבן איש חי את המכתב, ומיד כשסיים קם על רגליו, הניח שתי ידו על ראשו של רבי רחמים והחל מתפלל עליו. התבייש רבי רחמים שהבן איש חי עומד ואילו הוא יושב ועל כן ניסה לעמוד, אך הבן איש חי לא נתן לו, והמשיך בלחש בתפילתו במשך כרבע שעה(!) כשסיים, ישב וניחם אותו ובירך אותו שבעזרת ה' יתברך יהיה לו בן קיימא. וכתב רבי רחמים ביומנו כי "שבח לאל ברכתו עשה פרי", וברוך ה' זה הילד שנקרא עזרא ציון גדל להיות רב וגאון עצום בתורה ובמדע, ולימים התפרסם בעיקר בעקבות פרסום ספרו התכול – מילון ארמי עברי – שנמצא בימינו כמעט בכל בית-מדרש בעולם! אחר כך נולדו בס"ד לרבי רחמים ולרעייתו הרבנית עוד שני ילדים, בת ובן, שלפחות אחד מהם נולד כבר בארץ, אחרי שהמשפחה עלתה אליה והתיישבו בירושלים, שם המשיך לעמוד בקשר עם הבן איש חי, כמובא כאן באחד הסיפורים. וככשמע רבי רחמים על פטירתו של מורו ורבו – ישב וכתב עליו דרוש ומספד, אותו פרסם לימים בספרו הנודע 'כסא רחמים'. כיום, פזורים עשרות רבות מצאצאיו ברחבי ארץ הקודש, וכה רבים הם עד כי כמעט אין מכירים אלו את אלו.