בעקבות הגלויות ופיזור הקהילות נוצרו הבדלים בין נוסחאות התפילה של העדות השונות. אמנם בעיקרי התפילה, היינו במה שתיקנו אנשי כנסת הגדולה, כברכות קריאת שמע ותפילת עמידה, השינויים קלים מאוד. ואף בעיקר סדר הקורבנות ופסוקי דזמרה, שנקבעו בתקופת התלמוד והגאונים, השינויים קטנים. אבל בתוספות שנוספו בתקופת הראשונים, הן בסדר הקורבנות והן במה שאומרים בסיום התפילה, ההבדלים בין העדות נעשים בולטים יותר. כי מה שנהגו להוסיף בספרד לא בהכרח התקבל באשכנז, וכן להיפך. במיוחד הדבר בולט בפיוטים שנתחברו בתקופת הגאונים והראשונים, והוכנסו לסדר התפילה בימים הנוראים ובחגים. וכך אנו מוצאים פיוטים שונים לגמרי בסדר תפילות הימים הנוראים בין מנהגי ספרדים ואשכנזים. וראוי שכל יהודי ימשיך במנהג אבותיו. ואפילו אם היה ידוע שנוסח מסויים מדויק יותר, ההוראה היא שכל אדם ימשיך במנהג אבותיו, כי המשכת המסורת חשובה יותר מהדקדוק הפרטני במילה זו או אחרת. ובאר האר"י הקדוש, לגבי שינויי הנוסחים שבין ספרדים ואשכנזים, שקבלה בידינו, שיש ברקיע שנים עשר חלונות כנגד שנים עשר שבטי ישראל, ותפילת כל שבט ושבט עולה דרך שער אחד המיוחד לו, והוא סוד שנים עשר שערים הנזכרים בסוף ספר יחזקאל (שער הכוונות דף נ, ד, מ"א סח, א, מ"ב סח, ד). גם במנהגי הגיית העברית יש שינויים בין העדות, הן לגבי מבטא האותיות, כמו ב'צ' ו'ק', והן לגבי הניקוד, כמו בקמץ וחולם. ועל בני כל עדה להמשיך במנהגם. ומכל מקום אם שינו יצאו ידי חובתם, שכל המסורות הקיימות בישראל בקריאת האותיות והניקוד כשרות לתפילה (אג"מ או"ח ג, ה, ואפילו בנוסח חליצה שלכל הדעות צריך לבטא את כל אותיותיו, יוצאים בכל מבטאי העדות).

כתב החיד"א בשם האר"י, שתפילת נוסח הספרדים עולה בכל שנים עשר השערים. ולדעתו מותר לבני אשכנז לעבור לנוסח ספרדי (ע' יבי"א ו, י; יחו"ד ג, ו). אלא שלעומתו החסידים טוענים שנוסחם (ספרד) משובח יותר, שכן גדולי החסידות בחנו ובדקו נוסחים רבים על פי ההלכה ועל פי כוונות הקבלה, ובחרו את הטוב שבהם. וכמובן שגם מתפללי נוסח אשכנז סוברים שמנהגם הוא המדויק ביותר, שקבלתם איש מפי איש עד שמעון הפקולי. ועוד שיסודו של מנהג ספרד באמוראי וגאוני בבל, ואילו יסוד מנהג אשכנז באמוראי וגאוני ארץ ישראל, שהיו בקיאים יותר באגדה וחכמת הסוד ונוסחי התפילה. אגב, זו הסיבה שבכמה דברים יש דמיון בין נוסח אשכנז לנוסח תימן המקורי (בלאדי), ששניהם הושפעו מגאוני ארץ ישראל. ובעלי נוסח תימן טוענים שנוסחם המדויק ביותר, שכן יהודי תימן במשך כל שנות גלותם לא נדדו ממקומם, וכנגד רדיפות הערבים הגבירו את עקשנותם ושימרו את מנהגיהם בקפדנות יתירה. ואכן ספרי התורה התימנים נמצאו קרובים ביותר בדיוקם לנוסח כתר ארם צובא המדויק. כללו של דבר, לכל מנהג יתרון משלו, ואין בכוחנו להכריע איזה מנהג משובח יותר. וכן כתב בשו"ת 'חתם-סופר' (א, טו), שכל הנוסחים שווים, וזה שהאר"י חיבר את כוונותיו על נוסח ספרד הוא מפני שהיה רגיל להתפלל בו, אבל באמת אילו היה נמצא באשכנז איש כהאר"י, היה מחבר את סדר כל הכוונות לנוסח אשכנז. ואף אם היינו יודעים שמנהג מסוים יותר מדויק, עדיין היה ראוי שבני כל מנהג ימשיכו במנהגם, מפני שגם במנהג הפחות מדויק יש ודאי נקודות טובות שאינם במנהג האחר. ורק אחר שתוקם הסנהדרין, יהיה מקום לתקן נוסח אחיד, הכולל את הנקודות הטובות שבכל המנהגים. ועדיין יהיה מקום לדגשים שונים בתוספת תפילות ובמנגינות שונות, כנגד י"ב השערים, כל קהילה לפי עניינה.

כפי שלמדנו צריך אדם לשמור על מנהג אבותיו, וסמכו זאת על הפסוק "וְאַל תִּטֹּשׁ תּוֹרַת אִמֶּךָ" (משלי א, ח). אלא שמנהג זה אינו חשוב יותר מדינים אחרים, ולכן פעמים רבות שהוא נדחה. למשל, אדם היודע בוודאות כי אם יתפלל בבית הכנסת שבנוסח אבותיו יכוון פחות בתפילתו, ואילו בבית הכנסת שבנוסח אחר יכוון יותר - יבחר את בית הכנסת שבו יכוון יותר, שזהו עיקר התפילה.[1] אמנם במקרה של ספק, מוטב שיתפלל בבית הכנסת שבנוסח אבותיו, מפני שלטווח ארוך מסתבר שדווקא בנוסח אבותיו יכוון יותר. כי פעמים שבגיל צעיר אדם אינו מעריך כראוי את הקשר שלו לנוסח אבותיו, אבל עם השנים הוא מגלה את הקשר העמוק שלו לנוסח אבותיו. ואשכנזי הרוצה להתפלל לפי כוונות האר"י, ולשם כך רוצה לעבור להתפלל בנוסח ספרד, שעליו חוברו כוונות האר"י, רשאי לעשות כן. והיו מגדולי אשכנז שמפני זה שינו מנהגם לנוסח ספרד, וביניהם רבותיו של בעל ה"חתם-סופר" - רבי נתן אדלר ורבי פנחס בעל ההפלאה, אבל משפחותיהם ותלמידיהם המשיכו להתפלל בנוסח אשכנז, מפני שהבינו שרק הרוצה להתפלל לפי כוונות האר"י רשאי לשנות, אבל מי שאינו מכוון - ראוי שלא ישנה. אמנם מנהיגי תנועת החסידות עודדו את כל חסידיהם לשנות מנוסח אשכנז לנוסח ספרד-חסידי, למרות שרובם לא ידעו את כוונות האר"י. ואכן גדולי הרבנים חלקו עליהם בתוקף, שהיאך שינו. אבל הם שהיו גדולי עולם החליטו לשנות את המנהג, ומן הסתם היו להם טעמים נכבדים. וכיום כבר אין מערערים עליהם (ע' שערים המצוינים בהלכה יח, ד; אג"מ או"ח ב, כד). ומי שיש לפניו שני בתי כנסת: באחד מתפללים בנוסח אבותיו, אבל אין מקיימים בו שיעורי תורה. ובשני מתפללים בנוסח אחר, אבל יש בו שיעורי תורה. אם הוא מעריך שעל ידי תפילותיו בבית הכנסת שיש בו שיעורי תורה יזכה ללמוד יותר תורה, מוטב שיתפלל בו אף שאינו בנוסח אבותיו. וכן לגבי בחירת ישיבה, אין להחליט על מקום הלימוד לפי נוסח התפילה, אלא יבחר את הישיבה שבה יוכל להתעלות יותר בתורה ובמצוות. וכן כאשר ישנם שני בתי כנסת, האחד בנוסח אבותיו, אבל הוא חושש שלא יוכל להתחבר עם קהילת מתפלליו, מפני שהם מבוגרים או צעירים ממנו, או שהם מעטים מדאי, או מכל סיבה אחרת. ולעומת זאת בבית הכנסת שבנוסח אחר ישנה קהילה מגובשת שאליה יוכל להתחבר יותר. אם הוא סבור שעל ידי השתתפותו בתפילותיהם, הקשר שלו לקהילה הדתית יתהדק, ועל ידי כך רמתו הרוחנית תעלה או לפחות תישמר, מוטב שיתפלל עמהם אע"פ שאינם מתפללים בנוסח אבותיו.

בעבר, כאשר המרחק בין הקהילות היה גדול, אשכנזים התגוררו באשכנז, ספרדים בספרד ותימנים בתימן, כל מי שעבר להתגורר במקום אחר, היה נגרר אחר מנהג מקומו החדש, והיה עליו לנהוג כמותם בענייני הלכה ותפילה. וכן מצינו משפחת 'אשכנזי' שנוהגת במנהגי ספרדים, ונקרא שמה 'אשכנזי' מפני שהיגרה מאשכנז לספרד. וכן משפחות שהיגרו מספרד לאשכנז, קיבלו עליהם מנהגי אשכנז. ואף אם במשך הזמן היגרו אנשים רבים מקהילה אחת לאחרת, עד שבמשך הזמן נהפכו לרוב, כל זמן שבאו כיחידים, הרי הם בטלים בקהילה שאליה באו, וכולם צריכים לנהוג כמנהג המקום (שו"ע יו"ד ריד, ב; או"ח תסח, ד; מ"ב יד). וכן דין אשה שנישאה לבעל מעדה אחרת, שהיא נחשבת כמי שהיגרה מקהילתה לקהילתו, ועליה לנהוג כמותו, בין להקל בין להחמיר. ואינה צריכה לעשות התרת נדרים לשם כך (אג"מ או"ח א, קנח).[2] וכאשר קהילה שלמה נדדה למקום אחר, כיוון שהיא קהילה בפני עצמה, אין היא נגררת אחר שאר בני המקום, ואינה צריכה לשנות את מנהגיה (באו"ה תסח, ד). ואפילו אם בני המקום הוותיקים הם הרוב, כל זמן שהחדשים מאוגדים כקהילה עצמאית, עליהם להמשיך במנהגיהם הראשונים. וכן הדין בארץ ישראל, שבחסדי ה' זכינו לקיבוץ גלויות, ומכל עדה עלו רבים וביניהם תלמידי חכמים, וכל עדה ועדה הקימה לעצמה בתי כנסת משלה, ממילא אין עדה אחת מתבטלת כלפי חברתה, ועל כל עדה לשמור את מנהגיה.

הרגיל בנוסח אחד ובא להתפלל במניין שבנוסח אחר, יש אומרים שעליו להתפלל כפי נוסח המניין שבו הוא מתפלל, שהיחידים נגררים אחר הרוב. ואם הוא נוהג כמנהגיו בפניהם, יש בזה משום איסור "לא תתגודדו". כי האיסור הוא שלא יהיו בבית דין אחד, מקצת שהולכים בשיטת בית שמאי ומקצת בשיטת בית הלל, כדי שלא תיעשה התורה לשתי תורות (יבמות יד, א, לרי"ף ולרא"ש). ואם כן גם בבית כנסת אחד אין להתפלל בשני נוסחים. ועוד שאמרו חכמים (פסחים נ, ב), שלא ישנה אדם ממנהג המקום מפני המחלוקת (פאת השולחן ג, יד). ולדעת רוב הפוסקים, בדברים שאומרים בשקט, יוכל להתפלל כנוסח אבותיו, שהואיל וההבדלים אינם מובלטים אין חשש מחלוקת, וממילא אין בזה איסור "לא תתגודדו". אבל בדברים שהוא אומרם בקול רם, יתפלל כנוסח של המניין, כדי שלא ליצור מחלוקת ושוני בין המתפללים.[3] מי שנצרך להתפלל באופן קבוע במניין בנוסח אחר, כגון שעבר למקום שבו המניין היחיד מתפלל בנוסח שונה, או שזה המניין שבו יוכל להתחזק יותר מבחינה דתית; רשאי לבחור אם בכל זמן שהוא מתפלל באותו מניין יתפלל כנוסחם, או שיחזיק בנוסח אבותיו, ורק בחלקים שאומרים בקול רם יאמר כמותם. והחזן העובר לפני התיבה בבית כנסת שבנוסח אחר, צריך להתפלל כמנהגם, מפני שהוא מתפלל בשליחותם. אמנם בתפילה שבלחש יכול להתפלל כמנהגו.[4]

שמירת המנהגים כוללת בנוסף לנוסח התפילה, גם את צורת ההגייה, תימנים בהגייה תימנית, ספרדים בהגייה ספרדית, ואשכנזים בהגייה אשכנזית, כל קהילה לפי הגייתה המיוחדת. וכן לכתחילה ראוי שכל עדה תמשיך להתפלל במנגינותיה המסורתיות (ע' רמ"א או"ח תריט, א). כמובן שאפשר להוסיף ולחדש מנגינות, הכוונה היא שבעיקר התפילה ישמר הניגון המסורתי שנתקדש במשך דורות. לשם כך צריך אדם להתפלל לכתחילה בבית כנסת שבנוסח אבותיו.[5] וצריך לדעת שישנם בישראל עשרות מנהגים. נוסח ספרדים מתחלק לכמה מנהגים. בענייני הלכה, השינויים העיקריים הם בין הנוהגים על פי 'שולחן-ערוך' לנוהגים על פי 'בן-איש-חי'. ועוד ישנו נוסח של יוצאי צפון אפריקה, ואמנם בענייני הנוסח וההלכה השינויים בין יוצאי צפון אפריקה לעירק וסוריה קטנים יחסית, אבל במנגינות השינויים גדולים יותר. ואפילו בין עולי צפון אפריקה יש הבדלים במנגינות, עד שבאוזני עולי מרוקו נשמעים עולי אלג'יר כמזייפים; ולאוזני עולי לוב, שניהם מזייפים. וכדי לשמור על המנהגים באופן מושלם, צריך שיהיו בתי כנסת מיוחדים לעולי טריפולי, לעולי טוניס, לעולי אלג'יר, לעולי מרוקו, וכן לעולי עירק, לעולי סוריה, לעולי פרס ולעולי טורקיה. וכן בין עולי אשכנז ישנם מנהגים שונים. ההבדל הגדול ביותר הוא בין החסידים לשאר אשכנזים. אבל ישנם עוד הבדלים משמעותיים בצורת ההגייה ובמנגינות. מנגינותיהם של מתפללי נוסח אשכנז ממערב אירופה שונות לגמרי ממנגינותיהם של מתפללי נוסח אשכנז מליטא. ולגבי ההגייה, יש לפחות ארבעה סוגי הגיות, של עולי ליטא, עולי פולין, עולי גליציה ועולי הונגריה. וכן יש הבדלים בין החסידויות השונות בכמה מנהגים ובמנגינות. וכן בין התימנים ישנם שני נוסחים עיקריים, בלאדים ושאמים. אלא שאם ההקפדה על שמירת המנהגים תגרום לפירוק הקהילה, עדיף לוותר על שמירת המנהגים. מפני שבדרך כלל, כאשר הקהילה מגובשת, ומקיימת שיעורי תורה לגברים, לנשים ולילדים, ויש בה פעילות של גמילות חסדים, היא מצליחה לקשר את כל חבריה לתורה ומצוות. ולעומת זאת כאשר הקהילה נחלשת, גם חבריה נחלשים, ובמיוחד הדבר משפיע לרעה על הילדים. ואם כן, אף שלכתחילה טוב שכל אחד יתפלל לפי מנהג אבותיו, מכל מקום, אם לשם כך יצטרכו להקים עשרות בתי כנסת קטנטנים, שבקושי יצליחו לקיים בהם מניין, ולא יהיה בכוחם לארגן שיעורי תורה, אזי עדיף שבני עדות הקרובים זה לזה במנהגיהם יתאחדו כדי להקים קהילה חזקה יותר. למשל, שכל יוצאי צפון אפריקה יתפללו ביחד. ואם גם זה לא יספיק, אז שכל מתפללי נוסח ספרדי יתפללו ביחד.[6] לפיכך צריך בכל מקום ומקום לשקול את הערכים זה מול זה, את ערך שמירת המנהגים מול הערך של הקמת קהילה חזקה ומגובשת. וכאשר יש מספיק משפחות מעולי אותה עדה, עד שיש בכוחם לקיים בית כנסת גדול כמסורת מנהגיהם, מה טוב. אבל כאשר אין להם מספיק משפחות, מוטב שיתלכדו עם עדה הקרובה למנהגיהם, ובלבד שיקימו קהילה חזקה. ואם התלכדות העדות הקרובות לא תספיק לבניית קהילה חזקה, מוטב שבני כל העדות, ספרדים, אשכנזים ותימנים, יתלכדו לקהילה אחת. וסוגיה זו צריכה להישקל בכובד ראש, ובמקום שיש 'מרא- דאתרא', הוא צריך להכריע בשאלות אלו.

לעיתים מתעוררת שאלה, כיצד צריך אדם לנהוג, כאשר אביו שייך לעדה אחת והתרגל להתפלל בנוסח של עדה אחרת, האם יתפלל כנוסח שאביו מתפלל בו או כנוסח העדה של אביו. ככלל, ההוראה היא שהמנהג המחייב הוא מנהג העדה ולא מנהגו הפרטי של אביו. אמנם כאשר הבן מעדיף להמשיך במנהג אביו, או מפני שקשה לו לשנות, או מסיבה אחרת, רשאי להמשיך במנהג אביו. וכיוון שלשאלה זו השלכות על כמה עניינים, מוטב שכל אחד יתייעץ בזה עם רבו. שאלה דומה התעוררה אצל בני משפחות חסידים, שלמדו בישיבות ליטאיות והתרגלו להתפלל שם בנוסח אשכנז, ואחר שיצאו מהישיבה התלבטו האם להמשיך להתפלל בנוסח אשכנז כפי שהתרגלו בישיבה, או שעליהם לחזור לנוסח ספרד-חסידי כמנהג הוריהם. ורבנים בעלי נוסח אשכנז הורו, שמעיקר הדין עליהם להמשיך להתפלל בנוסח אשכנז, שכן בעבר כל יהודי אשכנז התפללו בנוסח אשכנז, ורק לפני כמאתיים שנה החסידים שינו את נוסחם. ואף שאחר כל כך הרבה שנים אין מורים לבני החסידים לחזור לנוסח אשכנז, מכל מקום מי שכבר התרגל בנוסח אשכנז, מוטב שימשיך להתפלל בו, שזהו נוסח אבותיו המקורי. ורבני החסידים מורים שעליהם לחזור לנוסח החסידי, שאם אחר שכולם התפללו בנוסח אשכנז הורו גדולי החסידים לשנות לנוסח ספרד-חסידי, כדי שיתאים לכוונות האר"י, קל וחומר שמי שכבר נולד במשפחה חסידית שעליו להמשיך להתפלל בנוסח חסידי. למעשה, הואיל ויש דעות לכאן ולכאן, רשאי השואל לבחור כיצד לנהוג, וטוב שיתייעץ על כך עם רבו.[7]

שאלה דומה התעוררה בקרב עולי אשכנז מהציבור הדתי-לאומי. לפני כשלושה דורות, עם תחילת קיבוץ הגלויות, הורגש צורך למזג את כל הגלויות, ולהחזיר את העם היהודי לשפתו העברית. כדי לאחד את כולם סביב מבטא אחד, בחרו במבטא הספרדי. ואף שדעת מרן הרב קוק זצ"ל ועוד פוסקים רבים, שכל עדה צריכה לשמור בתפילה על מבטאה. בפועל, כיוון שהעברית המדוברת, והעברית שלמדו בבתי הספר, היתה בהגייה ספרדית, נשתרשה ההגייה הספרדית גם בתפילה. ואף רבים ממנהלי מוסדות החינוך הדתיים-לאומיים הדריכו את תלמידיהם האשכנזים, לפי הוראת מקצת הרבנים, להתפלל בהגייה ספרדית. ויש מן הרבנים שיצאו בתוקף כנגד האשכנזים ששינו את המבטא. ויש שהורו, שגם מי שקשה לו לומר את כל התפילה במבטא אשכנזי, לכל הפחות את שם השם עליו לבטא בהגייה האשכנזית, מפני שבשם השם בולט יותר יתרונה הדקדוקי (הר צבי או"ח א, ד; אז נדברו ח"ג, מח, א, עפ"י חזו"א). אולם למעשה, אין הרבנים מעודדים את תלמידיהם לשנות את מבטאם. שהואיל והמבטא הספרדי כשר כמו האשכנזי, ובו הכל רגילים לדבר, אין חובה להתאמץ לחזור למבטא המקורי. ואם ההתאמצות לשנות את ההגייה תגרום להסחת הדעת מכוונת התפילה, עדיף שלא לשנות את ההגייה. ומי שכבר מתפלל במבטא ספרדי, מוטב שגם את שם השם יאמר במבטא ספרדי, כדי שלא לערבב את המבטאים, ויש מי שחושש שהמערב את המבטאים אפילו בדיעבד לא יצא (הגר"י הנקין, שערים המצוינים בהלכה יח, ה). לפיכך נוהגים לומר את כל התפילה, כולל שם השם, במבטא ספרדי.[8]

במקומות רבים מתפללים בני כל העדות ביחד. כך מקובל בישיבות רבות, כדי שלא ליצור פירוד יום-יומי בין התלמידים. וכך מקובל בישובים קטנים, שאין בהם מספיק אנשים כדי להקים לכל עדה מניין גדול המקיים תפילות ושיעורי תורה. אמנם בעבר, כדי שלא לשבש את סדרי התפילה, ולא ליצור מנהגים חלוקים בתוך אותו בית כנסת, היו קובעים נוסח אחד לפי הרוב (ע' אג"מ או"ח ד, לד). אולם בציבור שלנו, שרגיל ומכיר את המנהגים השונים, במקומות רבים נוהגים כיום לתת לכל עדה ביטוי בסדרי התפילה. ובדרך כלל הולכים אחר החזן. אם החזן ספרדי, יתפלל בנוסח ספרדי. ואם אשכנזי, יתפלל בנוסח אשכנז. ויש מקומות שאפילו אם החזן תימני, למרות שהגייתו שונה מאוד מהמקובל, הוא מתפלל כדרכו בהגייה תימנית. וכיוון שכל המנהגים כשרים ומוכרים לכל, אין בזה חשש "לא תתגודדו", ואין הדבר עלול לגרום למחלוקת. וכך נוהגים אצלנו בהר-ברכה. וכשיש הבדלים גדולים בין המנהגים, מנהגינו לילך אחר המקצרים. למשל, בימי צומות בה"ב, שהאשכנזים נוהגים לומר בהם סליחות, אין אומרים סליחות בציבור. וכן אין אומרים בקול את שיר-השירים לפני קבלת שבת, כפי שנוהגים רבים מהספרדים. וכן אין אומרים בקול רם ובציבור את כל סדר הקורבנות, והרוצים לאומרם מקדימים לאומרם לפני התפילה. אמנם כאשר אין מדובר באריכות מכבידה, כמו בסיום התפילה, שהספרדים מאריכים בשיר של יום ופיטום הקטורת, או בתחנונים של שני וחמישי - הולכים אחר החזן. ולמרות שהמנהג הספרדי הוא, שהחזן אומר בקול רם את כל המזמורים וברכות קריאת שמע, כדי להוציא את מי שאינו יודע לקרוא. המנהג הרווח שגם החזנים הספרדים אומרים בקול רם את סיום המזמורים והברכות בלבד. וזאת מפני שהכל יודעים לקרוא, והאמירה בקול מאריכה את משך התפילה, ומפריעה לכוונת חלק מהמתפללים. וככלל, בדברים שבקול רם הולכים אחר מנהג החזן, ובדברים שאומרים בשקט כל אחד מתפלל כמנהגו. ואין מדקדקים בזה, והרוצה להתפלל בנוסח החזן רשאי, שכן דעת חלק מהפוסקים. והרוצה לומר גם את החלקים הנאמרים בקול כנוסח עדתו - רשאי, ובתנאי שיאמרם בשקט, כדי שלא יפריע לציבור ולא יבליט את ההבדלים בינו לחזן. וכאשר חזן ספרדי אומר בתחנונים של שני וחמישי שלוש פעמים י"ג מידות רחמים, ראוי שגם האשכנזים יפסיקו ויצטרפו לענות אחריו י"ג מידות רחמים. ובכל העניינים הללו, שבהם נשקלת טובת הקהילה וסידור התפילה מול שמירת הנוסחים, צריך רב המקום לפסוק.