הנהגה שבקדושה הייתה עניין מאוד נחשב אצל רבינו יוסף חיים – הבן איש חי זיע"א, וכך גם הנהיג את צאן מרעיתו במשך חמישים שנות מלכותו, תוך שהוא מראה להם שלכל יהודי באשר הוא, כמה פשוט שיהא – יש בו את הכוח לעלות מעלה מעלה במעלות הקדושה והטהרה. והיה מראה להם שכל הנהגה אפשר לקבל באהבה ולהדר בה, גם אם במחשבה ראשונה נשמע שהיא לא ברת ביצוע. והוא עצמו – הנהגתו שלו – גבוה מעל גבוה!

מספרים, כי בימי בחורותו, התענה שש שנים כסברת ספר הקנה כידוע ומפורסם, "שש שנים יעבוד, ובשביעית יצא לחופשי" – מהיצר הרע. ואחר כל התעניות היה מסגף עצמו בסיגופים גדולים עד שאפילו לא היה אוכל את האבטיחים האדומים שאז נחשבו למאכל הקריר לימי הקיץ החמים בבגדאד שהחום שם היה כבד עד מאוד. והיה ממתין עד יום ראש-השנה ורק אז מברך על האבטיחים שהחיינו.

מספרים, כי את גודל ענוותנותו של הבן איש חי זיע"א אין הפה יכול לספר כלל. ועל מעט מאוד ננסה לעמוד. כי הנה עם כל הכבוד שרחשו לו ללא סייג, גדולים וקטנים - לא גבה לבו ולא רמו עיניו, ובמקום שאתה מוצא גדולתו שם אתה מוצא ענוותנותו. כבוד ויקר גדול היה הבן איש חי חולק לתלמידי החכמים שבאו אתו במגע. כשהיה רואה תלמיד-חכם נכנס אצלו, היה שמח לקראתו כמוצא שלל רב, והיה הולך לקראתו ומקבלו בסבר פנים יפות, ומושיבו אצלו ושומע כל דבריו ובקשותיו. וכשגומר ורוצה לילך לו, היה הולך עמו ומלווהו עד שער החצר. וכן כשהיה רואה הלמדנים הצעירים, מפרחי כהונה, שיודעם ומכירם שנפשם אוותה בתורת ה', היה מראה להם פנים צהובות ונוהג לקום מלפניהם בהדרת כבוד. ואף לאלו שלא היו נמנים על תלמידי החכמים אלא היו תלמידים פשוטים, היה נוהג בהם כך ואף בימין צדקו עודדם וקירבם, וכאב את בן ירצה פעלם בהדרכה ועצה טובה. ושמענו מפי קדשו של חכם רבי נעים בן אליהו שליט"א שאם נשאל את עצמנו האם ידע הבן איש חי זיע”א על גדולתו? התשובה היא חד משמעית – שהוא לא ידע מזה כלל וכלל! כי כל כך היה עצום בבקיאותו בתורה, וגם בחסידותו ופרישותו ובמידותיו המיוחדות, שגם במידת הענוה היה כל כך מצויין, עד שלא ידע ממעלתו כלל ועיקר והחשיב עצמו ככלום. גם על ספריו לא היה כותב שום גינוני כבוד כמו שנוהגים לכתוב כיום, ומעולם לא כתב בסמוך לשמו שום כינוי של רבנות או כבוד, אלא להיפך, תמיד היה כותב בלשון הכנעה ופשיטות שהוא צעיר ואדם פשוט כאחד מהקהל, ואף היה אומר שאם היה רם ונישא מהקהל ולא אחד מהם – אי אפשר שדבריו היו נשמעים לציבור. ומספרים, כי כמה פעמים היו פונים לתלמידו ומשמשו חכם רבי בן ציון מרדכי חזן זיע"א כמה וכמה רבנים ומחברים שבחו"ל להודיעם תולדותיו, חיבוריו ושבחיו, והבן איש חי זיע”א לא היה נותן לו רשות בשום אופן. עוד מספרים, כי בכמה וכמה ספריו מופיעים סיפורי חסידים בהם מספר על "חסיד אחד", ובכל פעם מובא ממעשיו העצומים בחסידות וכיצד היה מתנהג, וגילה לנו חכם רבי בן ציון חזן זיע"א שבכל מקום שכתב הבן איש חי כך – היה מתכוון אליו עצמו, אך היה כותב כך כדי להסתיר עצמו בכינוי זה.

מספרים, כי פעם אחת בערב שבת, הגיע פועל ניקיון לנקות את הזבל בחצר ביתם של הורי הבן איש חי זיע"א. אמו הרבנית, שהיתה ידועה כמכניסת אורחים גדולה, מיהרה להציע לפועל הניקיון כוס שתיה קרה וצלחת חמה מלאה מתבשיל החמין שהכינה לכבוד שבת-קודש. פועל הניקיון אמר תודה, אך סירב בנימוס להצעתה של הרבנית. דחקה בו הרבנית שאל נא יתבייש. אך הוא בשלו, מסרב. שאלה אותו הרבנית כי שמא הוא חושש לכשרות המאכל - שמא אינו ברמה טובה - והלא זהו ביתו של הרב הראשי! משראה פועל הניקיון שלא יוכל עוד להתחמק, אמר לרבנית כי נזהר הוא שלא להנות משל אחרים. באותה עת ישב הבן איש חי בחדרו, וקשוב היה למה שהתרחש בחצר, אך כששמע את תשובתו של פועל הניקיון הפשוט, התרגש למשמע דבריו, והעריצו - שעל אף פשיטותו, אוחז הוא במדרגה כזו. ומאחר שידע על עצמו, שאז עוד לא הגיע למדרגה זו – היה יושב ובוכה בדמעות, כל אותה העת.

מספרים, כי כאשר היה חכם רבי אפרים הכהן זיע"א תלמיד בישיבת 'בית זלכה', היה עוסק רבות בתענית דיבור, עד לכדי שלימים גזר על עצמו שתיקה מוחלטת. הוא היה יושב ועוסק כל היום בתורה, אך מבלי לדבר עם איש. הבן איש חי זיע"א, מתוך דאגתו לכל בני עירו, הרגיש בכך וקרא אליו את ראש הישיבה חכם רבי אברהם דנגור זיע"א ושאלו אודות בחור זה. ענה רבי אברהם כי בחור זה הינו שתקן שאינו מתערב בסוגיות הנלמדות בישיבה ושככל הנראה הוא חלש בכישרונות למדנותו. הבן איש חי לא הסתפק במה ששמע וביקש לראות את הבחור. כשהגיע רבי אפרים עוד באותו היום לבית הבן איש חי, היה כלא מבין על מה ולמה זכה שייקרא על ידי רבן של כל בני הגולה. הבן איש חי לא האריך עמו בשיחה אלא אמר לו משפט קצר במתק שפתיו: "בחורי, עד כאן שתיקה, מכאן ואילך פתח פיח ויאירו דבריך"! כבר למחרת, תוך כדי השיעור בבית המדרש, בעת בה היה ניתן 'להשחיל' איזו קושיה או חידוש – ניצל הבחור, שהיה מוכר לכולם כ'שתקן' עד כה, את ההזדמנות ופתח את פיו, תוך שהוא מדהים בגדולת תורתו את הסובבים אותו, שלא הבינו מה קרה פתאום לשתקן מבין כולם. עד מהרה נתגלה כי ידו של הבן איש חי היתה בדבר. מאז אותו היום נמנה רבי אפרים על יחידי באי ביתו של הבן איש חי, עד שהיה ממקורבי תלמידיו.

מספרים, על שני אנשים שהיו בבגדאד, שמלאכתם היתה לקנות בגדים ודברים ישנים, והיו סוחרים בהם. פעם אחת, כששמעו השניים שיש מכירת חפצים ישנים אצל משפחה אחת, מיהרו השניים אל בית המשפחה. בדרכם עברו ליד קהל שעמדו להתפלל, אך חסר היה להם עשירי למניין לענות 'קדיש'. אחד מהם המשיך בדרכו בעודו טוען כי אין לו זמן, שמא יפסיד את הסחורה, ואילו השני שׂם בטחונו בה' ואמר: "מצוה הבאה לידך אל תחמיצנה", ועל כן נכנס להשלים את המניין. לאחר שענה קדיש, יצא למקום המיועד, שם גילה כי חברו שבא לפניו כבר קנה את רוב הרכוש, למעט כמה סמרטוטים, שלא לקח כדי שלא יכבידו עליו סתם. כשראה כך החבר השני שהגיע זה עתה, החליט לקנות את כל הסמרטוטים, כדי שלא ישוב בידיים ריקות לביתו. בבית החל ממיין את הסמרטוטים, וביניהם מצא כר אחד בלוי. פתח את הכר כדי להוציא את נוצותיו ולהפתעתו גילה שם מרגלית. הלך בזריזות וללא שהות לסוחר מרגליות, אשר העריך את שוויה של המציאה ב-50 זהובים. שמח המוצא על הערכת הסוחר שהסכים לתת לו את הסכום במזומן. כשחזר הביתה ושמעה אשתו שקיבל רק 50 זהובים, התחילה טוענת בפניו שעליו לערער וכי בודאי שוויה של המרגלית גבוה יותר. כיון שחש עצמו כבין הפטיש לסדן, בין טענת אשתו להכרעתו המקצועית של סוחר המרגליות, החליט לפנות אל רבו הבן איש חי זיע"א. לאחר שסיפר את סיפורו, נענה: אתה ענית אמן על קדיש שהיה בו חמישה אמנים, וחז"ל אמרו – 'שכר אמן בעולם הזה הוא עשרה זהובים', חמש פעמים עשר – הרי נתנו לך 50 זהובים במזומן בעולם הזה, והקרן קיימת לך בעולם הבא". הודה הסוחר לרבו והלך לביתו שמח וטוב לב, לספר לאשתו.

מספרים, כי הבן איש חי זיע"א היה מקפיד מאוד לעשות כל מעשה שעשה, מתוך כוונה מלאה. הוא היה מספר תמיד לקהל שומעיו כי המצוות שנעשות על ידיהם, כמעט ואינם שוות – אם הם נעשות ללא כוונת הלב כהקדמה. על כן, היה מזהיר תמיד את הקהל לומר לפני כל תפילה, מצוה ומעשה טוב - 'לשם יחוד קודשא בריך הוא ושכינתיה וכו' הריני בא לקיים... כדי לעשות נחת רוח ליוצרי ולעשות רצון בוראי'. על פי תקנת האר"י זיע"א, כי אמירה זו מעלה את המצווה גבוה יותר. כמו כן היה חוזר ומזהיר שיש לעשות את המצוות מתוך שמחה – וגם זה מעלה את המצווה למקום גבוה יותר. ומספרים, כי ברבות הימים, חיבר הבן איש חי את הספר 'לשון חכמים', בו קיבץ 'לשם ייחודים' רבים שיש לאמרם קודם עשיית מצוות שונות, ועוד הביא שם תיקונים הנצרכים לאנשים שונים על פי מקרי הזמן, כפי מה שהצטבר באמתחתו, על פי בקשות צאן מרעיתו במשך השנים.

מספרים, כי אהבת ישראל של הבן איש חי זיע"א היתה במידה גדושה עד מאד, והיה מליץ טוב בעד כל עם ישראל – אף בעד אלו שאינם נמנים על שומרי המצוות והיה מלמד עליהם זכות ומעורר עליהם רחמי שמים. ויתרה מכך – היה נוזף במי שהיה מלמד חובה על ישראל באשר הם, והיה מזהיר תמיד כי אם לא בזכות התשובה – אז בזכות האחדות – תבוא הגאולה. ומספרים, כי היה דואג תדיר לאנשי ארץ ישראל ושאר ארצות החיים ולמוסדותיהם, והיה מכבד ומיטיב להשלוחי דרבנן. וכן בזמן שהיה מגיע לו מכתב ממנהיגי הקהילות שעומדים באיזה מצור ומצוק חלילה, היה עושה הרעשות ומקבץ נדבות ושולח להם בהקדם האפשרי.

מספרים, כי כאשר התעסקו בניו ותלמידיו של הבן איש חי זיע"א בעריכת כתבי ידו, מצאו במקום מסויים שבסופי השורות של כתב היד חסרים כמה מילים. החליט בן אחיו, חכם רבי אברהם בן ניסים, לברר את העניין, ומצא ספר שהיה לומד בו הבן איש חי ושעל עובי הספר מצידו היו כתובים כמה מילים בכתב ידו, אך שאין כל קשר ביניהם. לקח רבי אברהם את הדפים עם השורות החסרות והצמידם לעובי הספר מצידו, וגילה להפתעתו הרבה כי אלו המילים החסרות להשלמת סוף השורות. עד כדי כך היתה מהירות כתיבתו של הבן איש חי, עד כי נראה שפעם מתוך מהירות הכתיבה נשמטה ידו מעל הניר, ומכיון שהיה מרוכז בלימוד לא שם לבו לכך שנגמר רוחב הדף, והמשיך לכתוב את סופי השורות על הספר שהיה מונח תחת הניר. ומספרים, שמתוך מהירות הכתיבה, לא היו מספיקים הדפים שכתב בדיו להתייבש, ונאלץ היה לסדרם זה לצד זה עד שיתייבשו, תוך שהוא ממשיך כבר בכתיבת דפים חדשים.

מספרים, כי פעם אחת שאלו את הבן איש חי זיע"א אודות אדם שהגיע לקהילה, ושעושה הוא רושם של אדם שהוא משכמו ומעלה, שכן במשך יומו הוא לומד תורה בלי הרף, וכל דיבורו אינו אלא בדברי תורה, והוא מדבר תמיד רק בדברי מוסר, אך עם זאת לא יודעים מה טיבו האם כוונתו לשם קדושה וטהרה או לא? אמר להם: "אל תתפעלו ממעשיו של האדם על פי התרשמות חיצונית בלבד, אלא תבדקו אחריו באכילתו - איך הוא מתנהג בשעת אכילה, אם הוא אוכל בצניעות ובדרך ארץ, וניכרת בו יראת שמים גם בשעת אכילתו – אז זה יהיה לכם סימן מובהק שכוונתו לשם שמים ותוכלו לשמוע לו, אבל אם הוא אוכל כמו בהמה – תדעו שהוא גם כן כמו בהמה".

מספרים, שספרייתו של הבן איש חי זיע"א, היתה כפולה מגודל של קיר גדול וגבוה, והיו מגיעים המדפים עמוסי הספרים עד התקרה, והיה צריך הבן איש חי לעלות על סולם בשביל להוריד את הספרים לעצמו בעת בה היה נצרך אליהם. כמו כן היתה לו עוד ספרייה עצומה אחת פרטית משלו בבית-המדרש 'בית-זלכה'. ומספרים, כי כשהיה נשאל שאלה – היה מעיין בספר, ואחר כך היה מוריד עוד אחד אחר והיה מעיין גם בו. וכך היה מוריד עוד ספר ועוד ספר, עד שהיתה בפניו ערימה גבוהה של ספרים מימינו ומשמאלו העוסקים באותו העניין. וכך תמיד - היה מוריד ערימות רבות של ספרי שו"ת ומעיין בכולם, ואחרי שהיה מגיע לכלל החלטה והובררו הדברים - היה ניגש לכתוב את התשובה, שנשלחה לאחר מכן לדפוס לספרו 'רב פעלים'. לתשובתו לא היה מכניס - אלא ארבעה או חמישה פוסקים. עם זאת אין זה אומר שהוא הסתמך בתשובתו על אותם ארבעה או חמישה פוסקים בלבד, אלא יודעים אנו שהוא עיין קודם לכן בכאלף פוסקים ובכאלף ספרי תשובות (כלשונו של תלמידו חכם-רבי אפרים הכהן זיע"א), ולאחר עיון מקיף ובירור הוא לקח את התמצית שלהם וכתב אותם בגוף התשובה.

מספרים, כי בחצר ביתו של הבן איש חי זיע"א היתה באר מים חיים שהיתה מיוחדת בשבילו, על מנת שיוכל לטבול בה בכל עת. ובאמת מרבה היה לטבול בה כדי להזדכך ולשמור על טהרתו וקדושתו. ומספרים, שעוד הקפיד על מנת לשמור על קדושתו, שגם כל המשרתות שבביתו היו כולם בתולות שלא הגיעו לפרקן, או זקנות שכבר פסקה זוהמתן, וכל זה כדי שכשיגישו לו המאכלים - יוכל לאכול בטהרה. ומקפיד היה להורות שכל הנשים שבביתו – לא ילכו בקבקבי עץ על מנת שלא יפריעו לו ולא יעלו בו הרהורים.

מספרים, כי כעשרים שנה אחר שהחל הבן איש חי זיע"א להנהיג את העם, נחל בית המסחר שלו ושל אחיו - מפלה גדולה ונגרם הפסד עצום בסכום עתק. החובות גאו עד שגם השלטונות התערבו ואסרו את אחיו ל-80 יום בבור הכלא. לבסוף הוכחה זכאותם ושוחררו, ותוך זמן לא רב החזירו את חובם והתפשרו עם הלווים. הבן איש חי, ששמו התנוסס מעל בית-המסחר, נפגע עד מאוד שכביכול בשמו היו הפסדים, וגזר על עצמו כמה עינויים בעבור זה. ומספרים, כי אז עשה את תיקון הקנה, כמסופר עליו במקום אחר.

מספרים, כי קרה פעם אחת שהבן איש חי זיע"א נאסר בבור הכלא, על לא עוול בכפיו, ואז ביושבו שם - זכה לחבר ספר חידושים. מאלו שמייחסים את הספר 'תורה לשמה' אליו, סוברים שאז חיבר ספר זה, ויש סוברים שאז חיבר דווקא את הספר 'מלאך הברית'. ומספרים, כי הבן איש חי נתפלא מאוד על שאסרוהו על לא עוול בכפיו, אך לאחר שהשתחרר וגילו כי לא היתה סיבה לכליאתו, נגלה לו בחלומו - שנצרך היה להגיע דווקא לאותו בור כליאה וללמוד דווקא שם בתורת הסוד ולברר שם ניצוצי קדושה מאבני אותו המקום, כי רק הוא יכול היה לבררם. ואת סיפור זה הביא בספרו 'עוד יוסף חי' שם הוא מספר זאת על 'חסיד אחד'.

מספרים, כי פעם אחת החליט אחד התורכים שהיה שונא ישראל, לעמוד בכביש ולארוב לבן איש חי זיע"א. הכין לו כמו שעושים היום - סכינים, אבנים וכדו', אמר: "רק יעבור – אני אפגע בו". גילו זאת כמה ממקורביו של הבן איש חי ובאו ואמרו לו: "דע לך, יש איזה אחד תורכי מהשופטים הגדולים שכך וכך רוצה לעשות לך, תשנה את הדרכים שלך"! אמר להם: "'בכל דרכיך דעהו והוא יישר אורחותיך', אלך בדרך זו, גם שמה ה' יעמוד לי, אני אמשיך בדרכי". ואותו הגוי עמד והתפאר: "רק יבוא החכם - זה מה שאני אעשה לו". והנה פעם אחת, כשהבן איש חי הלך בדרכו, התקרב למקום בו עמד גוי תורכי זה. עבר הבן איש חי את האורב התורכי והמשיך ללכת בדרכו, ואותו אורב תורכי לא עשה לו דבר. אמרו לו חבריו: "מה קרה"? אמר להם: "ראיתי אותו, וקדושה על פניו, ועמדתי ככה על יד הקיר, והשתוממתי, ולא היתה זאת גוזמא, אלא אמת לאמיתה".

מספרים, כי הבן איש חי היה חוזר ומזהיר את קהל שומעיו, בדרך כלל בדרשות השבת שקודם פורים, כי עליהם להניח לזקנם ופאותיהם לגדול, לעומת שיער ראשם שאותו דווקא עליהם לגלח, וכי אלו הם סימן יהדות מוצהר. והיה מביא מעשיות נפלאות ומשלים מתוקים רבים כדי לתת תוקף לדבריו. ומי שהיה מקשה כנגדו על עניין סימן ההתבדלות אל מול הגויים, היה אומר לו הבן איש חי שמי שאינו מניח פאותיו וזקנו לגדול – אין זה עניין רק בעולם הזה, אלא פוגם הוא בנפשו גם בעולם הבא. ומספרים, כי רבו חולקי דיעות בעניין אם לבן איש חי עצמו היו פיאות כמו מה שמכנים היום שם זה, או שמא היו פיאותיו צמודות לעור פניו, כמו שאר השיער כשאינו ארוך. אך מי שיעיין היטב בתמונתו המקורית, בהגדלת מחשב – יראה כי במקום מסויים במקום בו מגדלים הפיאות – כפי שהוא מתאר בדרשותיו – 'למעלה מן הזקן', מכסה את כובעו שיער שודאי אינו זקן, ואף ודאי כי אינו שיער ראשו, כי שאר שיער ראשו אינו נראה כלל. עם זאת, תמונה זאת צולמה כארבעים שנה(!) קודם פטירתו, ועל כן אין להוכיח ממנה האם גידל פיאותיו כך תמיד, ויתכן אף כי כל דרשותיו בעניין נאמרו כמה שנים אחר כך ואת פיאותיו גידל בהתאם, אולי אף ארוכות יותר, כנאה דורש – נאה מקיים. אך על כל פנים – בזקנו לא היה נוגע כלל, כהנהגת רבינו האר"י זיע"א.

מספרים, כי בכל מוצאי שבת-קודש, היה הבן איש חי זיע"א מתבודד שעה קלה בעליית הגג כמקביל פני רבו. אז היה מתגלה אליו אליהו הנביא זכור לטוב ומבקר אצלו. וכך, בכל מוצאי שבת היה הבן איש חי מבקש ממשרתו להגיש לו שתי כוסות יין. ובכל פעם כשהיה המשרת מניח את המגש עם הכוסות על השולחן, היתה אוחזת אותו רעדה בכל גופו - מרגליו ועד ראשו, משום שהיה רואה שהכוס השנייה מורמת על ידי יד נעלמת. שם בעליית הגג היו מסתודדים שני הקדושים, ומברכים על רביעית כוס יין. אחר כל זאת היה יורד הבן איש חי מעליית הגג כשפניו קורנות.

מספרים, כי חכם רבי יהושע שהרבני זיע"א היה זריז ביותר, עד שאפילו סמוך לגיל מאה היה עולה במדרגות בקפיצות של ארבע ארבע. על כן שלחוהו חבריו להגיע בזריזות אל ביתו של הבן איש חי זיע"א מיד עם צאת השבת, לראות אם השמועה על בואו של אליהו הנביא זכור לטוב בכל צאת שבת לביתו - נכונה או לא. עם צאת השבת מיהר רבי יהושע להגיע לשער חצרו של הבן איש חי, שם המתין רגע קט עד שנכנס מישהו בשער ואז נכנס מיד אחריו, מבלי ששמו לב אליו כלל. דילג רבי יהושע את המדרגות ארבעה ארבעה בריצה מהירה כדי שיוכל להספיק ולתפוס את אליהו הנביא, ובעת בה הגיע אל מפתן הבית - יצא אליו הבן איש חי וצעק עליו: "יהושע מה אתה עושה פה"? אזר רבי יהושע אומץ וענה לו כי בא לראות את אליהו הנביא זכור לטוב. ענה לו: "לך מכאן, שאין בימינו גילוי אליהו הנביא"! אמר לו: "אבל שמעתי קולות", ענה לו: "אתה מדמיין, לך". ומספרים, כי כך גם כתב הבן איש חי בספרו 'רב-פעלים' - שבימינו אין גילוי אליהו. אך חסידיו תולים זאת ברצונו להסתיר את הדבר, ויודעים כי גילוי אליהו היה גם היה, אפילו אצל הבן איש חי עצמו, ועדותו של רבי יהושע שהרבני היא כמאה עדים.

מספרים, כי פעם אחת הבן איש חי זיע"א לא חש בטוב, ועל כן הביאו לו כמה רופאים על מנת שיבדקוהו. בין רופאים אלו היו גם כמה גויים. אמרו לו הרופאים, שכיון שהיה רגיל לשבת על הרצפה ולכתוב על הנייר זה גורם לו לעייפות יתרה, ועל כן עליו לצאת מעט לטייל ולנשום אויר צח וטוב בכל יום. הסכים הבן איש חי לעניין זה וקרא לבנו, רבינו יעקב זיע"א וביקש ממנו לקחת עמו ספר ולקרוא לו ממנו בדרך, כדי שיוכל לקיים 'ובלכתך בדרך' ושחלילה וחס לא יהא ביטול תורה. הרופאים לא הסכימו לכך, בעודם טוענים שעליו לפוש ולנוח. אמר להם הבן איש חי: "אם כך, אני אלמד איזה נושא ואתעמק בו בדרך". אך גם לזאת סירבו הרופאים ואמרו כי הוא חייב לפוש ולא חלילה לאמץ את ראשו כלל. אמר הבן איש חי: "אם ככה - אלך לטייל כפי שהרופאים ציוו", קם ממקומו ואמר: "לשם יחוד קודשא בריך הוא וכו' הריני יוצא לטייל כדי לקיים את גופי ולהביא לבריאותי לקיים את מה שכתוב בתורה 'ונשמרתם מאוד לנפשותיכם' וכו' ". ונוסח כמעין זה הודפס בספרו 'לשון חכמים'.

מספרים, כי יהודי אחד נשלח לבגדאד מארץ אחרת כדי לשמש כמורה בבית הספר 'אליאנס'. עת הגיע, החל מתערב בענייני הקהילה והיה מחווה דעתו בכל דבר ודבר, כאילו היה אחד הרבנים. בראותו כי לא היו מתייחסים לדבריו ואף לא נתנו לו מקום של כבוד לחוות דעתו, כתב בעיתון "המגיד", שיצא לאור בירושלים, דברי זלזול בתקנות הקהילה שעשה הבן איש חי זיע"א וכן זילזל בכבודו, בעוד הוא כותב שהוא מזמין אותו למשפט מעל דפי הגליון, אל מול עיני הקוראים. ככל הנראה היה יהודי זה כל כך ממולח עד לכדי שהכתבה ששלח לעיתון היתה ארוכה מאוד, המדברת כביכול על ההיסטוריה של יהודי בגדאד, ביודעו שככל שהכתבה תהיה ארוכה יותר – כך היא תתפרש על פני יותר ויותר גיליונות, וכך אם יכתוב דברי נאצה על הבן איש חי רק לקראת סוף הכתבה – כבר לא יבדקו אותם מדפיסי העיתון החרדים, שכן אלו דברי המשך בסך הכל לכתבה ההיסטוריונית, ויכניסו לעיתון מבלי משים לב לכתוב. קרוב לשלושים גיליונות, שיצאו מידי שבוע ונשלחו לרחבי העולם היהודי בתפוצות, הביאו בפני הקוראים את דברי המרמה. ומשהתפרסם הגיליון ובו דברי הנאצה על הבן איש חי, קם קול מחאה אדירה בבגדאד, וכעשרים ושבעה מרבניה הגדולים יצאו במכתב חריף לעורכי העיתונים "המגיד" ו"הלבנון" בארץ ישראל וכן לרבנים הראשיים בארץ ישראל, בו הם מוחים על הפרסום המתועב. לא חסכו הם אף מלענות אחת לאחת על כל טענות המנאץ. אחר כך, הטילו החכמים חרם על אותו יהודי מנאץ, ולא-עלינו, ממש באותה תקופה נפטרה אמו, ונאלץ הוא לשבת שבעה בבגדאד. אך החרם היה כה חזק, עד שלא היה אפילו אחד שבא לנחמו תוך שבעת ימי האבלות. משראה כך ביקש לפרסם דברי התנצלות – אך זה כבר לא ניתן לו, ובצר לו פנה אל החכמים ראשי הקהל וביקש לשוב בתשובה. ומספרים, כי בכל אותה תקופה לא ענה הבן איש חי להתקפות חסרות השחר, ולמקורביו היה מרגיע ואומר, כי ודאי כל זה משמים בא, לכפרת העוונות.

מספרים, כי בכל יום אחר תפילתו, רגיל היה הבן איש חי זיע"א, לחלוץ את נעליו קודם שנכנס לבית המדרש ולהניחם בכניסה. אחר כך היה נכנס, מקפל את רגליו ויושב על השטיח. סביבו יושבים היו רבנים ושאר חנוונים ולומדים 'עין יעקב' כשלוש שעות, והיה הבן איש חי מסביר, מרחיב ומשלב בזה גם דברי הלכה. ואחר כך, כל אדם היה הולך לדרכו. ומספרים, כי יום אחד בעוד ישב הבן איש חי ולימד, הגיעה אשה אלמנה אל שער בית המדרש כשהיא בוכה. פנתה אשה זו לשמש בית המדרש בדמעות ואמרה לו שברצונה לשאול את הרב שאלה. אמר לה השמש: "המתיני עד שהרב יסיים". אמרה לו האשה: "אם כן, אני אצטרך להמתין הרבה זמן, ואין לי כח", והוסיפה את הפסוק: "כל אלמנה ויתום לא תענון"! שמע הבן איש חי את הדברים, יצא לפתח הדלת והשיב לאלמנה על שאלתה. באותו הזמן שיצא, ניגש חכם רבי אפרים כהן זיע"א אל הכניסה, לקח את נעליו של הבן איש חי והחל לנשקם, אך לא שם לבו לעת בה סיים הבן איש חי לדבר עם האלמנה ושב ונכנס לבית המדרש. כשהבחין הבן איש חי שרבי אפרים עומד בכניסה ומנשק את נעליו, שאלו: "אפרים מה אתה עושה"? שכן אין זה מדרך כבוד שתלמיד חכם כמוהו אפילו יגע בנעלי רבו, וכל שכן שלא לנשקם. מתוך הדברים רעדו ידיו של רבי אפרים ונפלו הנעליים על הרצפה. ומספרים, כי לימים היה אומר רבי אפריים הכהן: 'תדעו לכם, כשנשקתי אני את נעליו של החכם, בלי גוזמא – כמו שאני מנשק ציצית ותפילין!'.

מספרים, כי זכותו של הבן איש חי זיע"א היתה כה גדולה, משום שהיה מכבד תלמידי חכמים והיה מאוד מאוד זהיר בכבודם של כל בני האדם, באשר הם. פעם בא אליו אדם ביום גשום, כשרק חולצה לגופו, שכן לא היה הוא מבני המקום ולא ידע אודות מזג האויר בבגדאד. רצה הבן איש חי לתת לו כסף שילך לקנות לו מעיל. אמר לו אותו אדם: "תן לי את המעיל שלך ואחזיר לך אותו לאחר מכן". נתן לו הבן איש חי את מעילו, ואותו האיש לקח את המעיל והלך לבית הכנסת, שם, התיישב במקומו של הבן איש חי. חיכה הבן איש חי בביתו עד סמוך לשקיעה, ומשלא בא האורח - לקח את מעילו הישן והלך לבית הכנסת. משנכנס וראה שישב האורח במקומו עטוף במעילו, הלך וישב במקום אחר. ועל זה אמר: " 'שקר החן והבל היופי, אשה יראת ה' היא תתהלל' - שאין לך להתגאות בחן וביופי שלך, שהכל של הקב"ה, ונמצא שאתה מתפאר כבמעיל של רבנים שאינו שלך".

מספרים, כי עוד כשרבינו אליהו סלמאן זיע"א רק התחיל ללמוד את חכמת הקבלה לבדו, ללא מורה ומדריך, פנו אנשים אל הבן איש חי זיע"א ואמרו לו כי תלמיד חכם אחד שהינו חוזר בתשובה, לומד קבלה לבד, ללא רב מוסמך. הדבר לא מצא חן בעיני הבן איש חי וכשפגש בו שאל אותו: "איך אתה הוא עושה כן על דעת עצמך"? ואילו רבינו אליהו סלמאן שאל אותו: "האם עלי לחדול מלמוד זה"? ענה לו הבן איש חי: "אם תלמוד בהם כמו שאתה לומד באדרא רבא וזוטא וספרא דצניעותא ותיקונים וזוהר הקדוש – תלמוד ותקבל שכר, יען כי בודאי החכמה הזאת צריך שיהיה בה כללים אשר עליהם בנויים דברי החכמה הזאת, ואלו לא פירשם רבינו מהרח"ו ז"ל בספריו, ומה שפירש – גילה טפח וכיסה ארבעה טפחים". אמר רבינו אליהו סלמאן: "אם אזכה ואעלה לירושלים, תבנה ותכונן במהרה בימינו, שעליה נאמר 'כי מציון תצא תורה ודבר ה' מירושלים', ושם החכמים שלומדים בחכמה הזאת הם רבים, איך אדע מי הוא החכם המובהק שאסמוך עליו ואשב לפניו ללמוד ממנו חכמה זו"? הורה לו הבן איש חי לשאול את אותו חכם כמה שאלות וקושיות מסויימות על דברי רבינו האר"י והרש"ש זיע"א בכמה מקומות מסויימים, והוסיף: "ואם יאמר לך שהוא יודע וקיבל מן רב מוסמך – מקורם וביאורם של הדברים האלה – אז תאמין בו, מחמת יראת שמים שבו ותלמוד לפניו" והמשיך והוסיף לו עוד כמה שאלות שישאל את אותו הרב. ומספרים, כי כך ממש היה, עת עלה רבינו אליהו סלמאן להתיישב בארצנו הקדושה והגיע לישיבת 'בית אל' בעיר העתיקה בירושלים, שהיתה בהנהגתו של חכם רבי שאול דוויק הכהן זיע"א, ושאל אותו את אלו השאלות ממש, כפי שהורה לו מורו ורבו הבן איש חי. וברוך ה', החל מאז לומד בישיבת 'בית אל' ועוד באותו הדור נעשה לאחד ממקובלי ירושלים החשובים.

מספרים, כי הבן איש חי חזה את מלחמת יום הכיפורים, 75 שנים קודם שפרצה. בספרו 'בן איש חי דרשות' כתב על כך שהיהודים בארץ ישראל הולכים כמנהגי הגויים אשר יושבים סביבותיהם ומתנהגים כמותם, ואותם הגויים אף מקרבים אותם אליהם – כדי להשפיע עליהם, עד שיום אחד, ביום כיפור דווקא, יקומו עליהם שכניהם הגויים וינסו להורגם. ומספרים, כי עד שפרצה מלחמה זו – לא הבינו חכמי ירושלים מדוע הכניס הבן איש חי פתאום בין השורות את יום הכיפורים? הרי מה שייכות יש לו דווקא לכאן? אלא מצאו והבינו שיהיה על עם ישראל קיטרוג כזה גדול בגין מעשיהם – עד שגם יום הכיפורים שתכליתו היא לכפר ואין המקטרג עובד באותו יום, לא יוכל לעמוד בפרץ הקיטרוגים ותפרוץ מלחמה, ואילולא הקב"ה לא היה מסייע, מי יודע איפה היינו היום?