כשיש מילה בבית הכנסת, אין לומר שם וידוי ונפילת אפים ביום המילה, ואפילו אם מתפללים שם כמה מנינים בזה אחר זה, כולם פטורים מלומר וידוי ונפילת אפים.

אבי הבן שנמצא בבית הכנסת ביום המילה, או שנמצא שם הסנדק, או המוהל, אף על פי שהמילה נעשית בבית, כל הצבור שמתפללים עמו בבית הכנסת פטורים מלומר וידוי ונפילת אפים לכבוד בעלי הברית, שיום טוב שלהם הוא. ופשוט שמוהל מומחה שיש לו בכל יום מילה, פוטר הקהל מוידוי, אלא אם כן יוצא חוץ מבית הכנסת בעת הוידוי.

גם מוהל הנוטל שכר עבור המילה, הנמצא בבית הכנסת, פוטר את הצבור מלומר וידוי, אף על פי שנוטל שכר.

מקום שנהגו שאם יש מילה בבית כנסת אחת, אין אומרים וידוי ונפילת אפים בכל בתי הכנסת שבעיר, אף על פי שאינו מנהג יפה, מכל מקום אין למחות בידם, שיש להם על מה שיסמוכו. אבל במקום שעדיין לא נהגו כן, כמו בעיר חדשה, אין להם לנהוג כן, שהוא מנהג גרוע, ואין דעת הפוסקים נוחה הימנו.

בית כנסת שעושים שם מילה בבוקר, משום שזריזים מקדימים למצות, לא יאמרו וידוי ונפילת אפים גם בתפלת מנחה, הואיל ובמקום ההוא עדיין מונחים הכסא של אליהו הנביא מלאך הברית, והפרוכת שעליו, ואור קדושת מצות המילה חופף עליו כל היום, לפיכך אין נופלים על פניהם כל היום כולו. וכן הורו למעשה כמה גדולי עולם.

גם כשהמילה נעשית בבוקר, אם נמצא בתפלת המנחה אחד מבעלי הברית, דהיינו אבי הבן או המוהל או הסנדק, אין לומר וידוי ונפילת אפים, שקדושת ושמחת המצוה נמשכת כל היום. ואם מאחרים את המילה עד סמוך למנחה, יש אומרים שצריך לומר וידוי ונפילת אפים בשחרית, ורק במנחה שהיא התפלה הסמוכה לברית המילה לא יאמרו וידוי ונפילת אפים. אבל יש נוהגים שבכל אופן אין אומרים וידוי ונפילת אפים גם בשחרית. ולדינא, הנכון הוא לומר וידוי ותחנונים בשחרית, אך הנוהגים שלא לומר וידוי יש להם על מה לסמוך ואין לשנות מפני המחלוקת.

מי שנתבשר שנולד לו בן והוא בעיר אחרת או במדינה אחרת, ואינו יכול להיות נוכח בברית המילה של בנו, אף על פי כן לא יאמר וידוי ונפילת אפים ביום המילה, שבודאי גם הוא שמח שקרוביו מקיימים מצות המילה של בנו בזמנה. ונכון שסמוך לוידוי יצא מבית הכנסת, כדי שיוכלו לומר וידוי לכולי עלמא.

אם האחד מוהל והשני פורע, כל אחד מהם פוטר הקהל שמתפללים עמו מוידוי ונפילת אפים, אבל המוצץ בלבד אינו פוטר. ויש חולקים. והעיקר לדינא שאין המוצץ פוטר מלומר וידוי. אך המקילים בזה שלא לומר וידוי, אין צריך לגעור בהם, שיש להם לו על מה שיסמוך.

במקום שיש מחלוקת בקהל אם לומר וידוי ותחנונים או לא, ראוי שאבי הבן והחתן, וכיו''ב, יצאו מחוץ לבית הכנסת בעת שצריכים לומר וידוי ותחנונים, מפני כבוד בעלי הברית והחתן, וגדול השלום.

מעיקר ההלכה אין איסור לומר וידוי ותחנונים אף בימים שאין בהם נפילת אפים, כגון שהיה אחד מבעלי הברית בבית הכנסת. והאומר וידוי בביתו צריך לומר י''ג מדות בניגון כקורא בתורה. ומכל מקום אין לוידוי זה ערך כמו הוידוי שאומרים בסדר התפלה.

יום המילה שחל בימי תענית צבור הכתובים בפסוק, הנכון הוא שאבי הבן או המוהל והסנדק, יצאו לחוץ בעת שיגיעו לוידוי, ויחזרו אחר נפילת אפים, וימשיכו עם הצבור את כל אמירת הסליחות, וכמו שנתבאר לעיל עמוד תשו.

אם מטיפין דם ברית מתינוק שנולד מהול, דינו כמילה שפוטרת את הקהל מלומר תחנון.

כשיש מילה בשבת בבית הכנסת, או אם נמצא שם אחד מבעלי הברית, יש שנוהגים שלא לומר צדקתך צדק. ויש שנוהגים לומר ''צדקתך'' אפילו אם נמצא בבית הכנסת חתן או אבי הבן וסנדק. וכן דעת מרן אאמו''ר שליט''א.